新的中国海军暂时以每个岗位配双人以师带徒的形式（即一个华夏水兵要带一个中国学生）运作，直到中国海军官兵能够独立操作这些舰艇时为止。
由于这一时期与帝国方面合作的仍然只有中共系统，因此建立之初，新海军就有很重的中共烙印，或者说这根本就是在帝国的帮助下建立起来的中共海军。
新海军以中国人民东海舰队的名义，在上海新成立的统帅部指挥下作战。
新的统帅部有三位主要成员：即中国第九十八集 团军司令朱德将军（享受中华帝国陆军上将同等待遇）、中国新编第四军军长陈毅将军（享受中华帝国陆军中将待遇）以及中华帝国讲武堂装甲军军长孙珵陆军中将。
统帅部将统一协调华军与共军，以及联合军之间的关系，以及互相配合作战事宜。
在这里，有一件事需要特别提及，那就是收到了何阳等人从重庆发来的报告后，中华帝国方面普遍对国军系统充满了失望感，特别是与延安代表团的报告进行对比过后，华军方面认为国军太过烂泥扶不上墙了。
再加上孙笑的刻意引导，此时帝国方面比较倾向于摆脱国军系统，依托共军系统以及少数军阀精锐，组建新的中国军队。
按照这个想法，华军在提议成立统帅部（这样指挥系统就与果军完全无关了）的同时，还建议共军方面放弃国军的第九十九集 团军和新编第4军番号。
这个提议一方面是为了明确指挥层级：第一百集 团军在国军建制下只有3个师的番号，但即使不计算民兵也有几十万人，超编太夸张了。
华军希望以八路军三个师为基础，加入各种国军番号外的纵队支队，扩编为三个军（其实按三个军编制也是严重超编的），然后再以八路军部分指战员补充进于学忠的联合第二军，以及叶挺的联合第一军，再加上新四军，补充帝国方面提供的技术兵种和武器，这样新政府很容易就能得到6个很有战斗力的军级单位。
