鸦片战争以后，基督教（新派）各差会也争先恐后地向中国派出了传教士。属于英国的差会有英国伦敦会、浸礼会、长老会、圣公会、卫理宗、内地会、英行教会等；属于美国的差会有圣公会、美部会、美北长老会、浸礼会、归正会、卫理宗、信义宗、基督教青年会等；德国派出的差会有巴色会、礼贤会、信义会等；加拿大派出的有长老会、卫理会、圣公会等，活动范围遍及中国各地。如美北长老会在五口通商后不断派传教士到中国来，传教区迅速扩大，在不长的时间里形成了东起宁波、杭州、上海，西南及桂林、衡州，北达登州、烟台、北京等地，南到广东、海南的广袤范围。先后设立了华中区（1844年开教）、广东区（1847年开教）、山东区（1861年开教）、北京区（始于1863年）、江安区（包括南京和安徽怀远，原属华中区，后于1906年独立）、海南区（1881年开始）、湖南区（始于1898年）等众多传教区。丁韪良、狄考文、李佳白等著名传教士就来自该会。英国传教士戴德生创办的内地会是外国来华传教士成立的最大传教组织。戴德生原是英国中国布道会成员，1854年受该会派遣来华，以后便脱离了中国布道会。1865年他在英国休养期间组织了中华内地会。1866年戴德生重返中国，先在江浙一带活动，后于上海成立内地会总部，建立起完善的组织系统。内地会传教特点：一是跨宗派，所派传教士来自不同国家的各个不同宗派，既有英、美、加拿大、澳大利亚人，又有德国、奥地利、瑞士及北欧各国之人；二是活动范围广，他们不仅注重在中国的沿海沿江省份建立传教据点，而且还把传教士派到内地省区、边疆和少数民族地区，并强调深入民间传教；三是传教活动中国化，强调传教士在生活、起居、衣着、语言、举止等方面，都尽量做到中国化，以减少传教阻力，迅速把上帝的福音传遍中国。由于具备这些特点，内地会组织发展很快，1869年传入安徽、江西，1875年发展到河南、湖南，1876年传入山西、陕西、甘肃及绥远，次年，四川、贵州、云南、广西等西南地区被纳入他们的传教范围。在不长的时间里，内地会的传教活动几乎遍及全中国，这种扩张速度在来华的各基督教差会中并不多见。到19世纪末，内地会在中国约有650名传教士，270个传教据点，教徒在5000人以上，成为基督教（新教）在华的最大差会之一。[7]
基督教（新教）传入中国的时间虽然晚于天主教，但其在华发展的速度并不比天主教逊色。到1906年止，经过英、美等国新教传教士的努力，共在中国建立教会82个，派遣传教士3832人，发展教徒共178251名。[8]从总体上看，天主教影响的对象主要是以农民为主体的社会下层，而基督教的多数差会和传教士则热衷于办报、办学、译书等文化事业，在士大夫阶层及知识分子中有较大的影响。因此，尽管基督教拥有的信徒比天主教少，但它在当时中国社会中的影响却不可低估。
晚清时期，东正教的传播状况虽然落后于天主教和基督教，但仍然呈现出迅速发展的势头。由于种种历史原因，东正教在华的发展一度处于迟滞状态。在1860年以前的百余年间，含雅克萨俘虏的后裔在内，北京的东正教徒不过200人，加上北京以外的哈尔滨、张家口、天津、汉口等地的少数教徒，总数亦仅300多人。这种情况直到1878年始发生变化。是年，修士大司祭弗拉维昂·高连茨基率领第16届传道团来华。鉴于东正教在华发展缓慢，弗拉维昂·高连茨基改变传道团主要参与俄国外交活动的方针，开始重视传教事务。其教会及传教士在北京、内蒙、汉口等地积极开展传教活动，使这一教派得到迅速发展。到1902年，我国境内建成的东正教教堂已有32所，信徒总数达5587人，仅北京就有教徒上千人，[9]是40年前的5倍。
