其一，对宗教教义的解释不同。拜上帝教与基督教在“上帝”“魔鬼”“三位一体”等宗教基本观念的理解、解释上存在较大的歧异。洪秀全对它们的解释完全不受基督教正宗解说的限制，而是根据自己的需要进行编造、发挥，把中国的历史故事、民间传说以及自己编排的神话统统捏合在一起，形成拜上帝教独特的宗教观念。在正统基督教教义中，上帝是天地万物的创造者和主宰，并对人间赏善罚恶。他是无处不在而又无形迹的独一真神。耶稣是上帝的独生子，是传达上帝福音的救世主。上帝和耶稣在基督教中具有同等重要的地位，是崇拜的最高真神和唯一偶像。而在洪秀全看来，上帝并不是无形无迹的精神实体，而是“一位身着黑色道袍的老人”，是完全被人格化、中国化的人格神。洪秀全写的《太平天日》对上帝的形象作了这样的描绘：“头戴高边帽，身穿黑龙袍，满口金须，拖在腹尚（上），相貌最魁梧，身体最高大，坐装最严肃，衣袍最端正，两手覆在膝尚（上）”。他还给上帝创造了一个易为中国人接受的称呼：“天父上主皇上帝老亲爷爷”，不过使用最多的还是“天父”一称呼。太平天国还编造出一位“天母”，又称为“天妈”或“老妈”。基督教教义中有“圣母”玛利亚，但与拜上帝教中的“天母”根本不同。基督教中的“圣母”是童贞女，由“圣灵感孕”而生耶稣，后嫁给约瑟为妻，与“天父”并无干系。而太平天国信奉的“天母”则是“天父”的妻子，与天父结为夫妇而生子。而且天母不止一人，按照洪秀全的说法，他与杨秀清及耶稣乃同一“老妈”所生，包括冯云山等人在内的兄弟姊妹则是“别的老妈”所生。可见，天父是一个多妻多子女的老人。关于耶稣，在正统基督教教义中，耶稣是上帝的独生子，是传达上帝福音的救世主。上帝为拯救世人出苦难，降孕玛利亚而诞生耶稣，耶稣是上帝的代表，但又有人的形象，具有亦神亦人的身份。在拜上帝教中，耶稣被称为“天兄”，但不是上帝的独生子，而是上帝的长子。洪秀全为了神化自己和太平天国其他领导人，把他本人和冯云山、杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开等统统说成是上帝的儿子，称耶稣为上帝之长子，自己是次子，其他领导人依次递降。至于魔鬼，在基督教教义中系指专事抵挡上帝，并**人犯罪的邪恶之源，含义比较抽象。洪秀全讲的魔鬼并不单指宗教虚幻世界中的邪恶妖魔，而是现实社会中的封建统治者，称清帝为“阎罗妖”，是攻击的主要对象。西方基督教，尤其是来华传教士宣传的宗教主张，主要是鼓吹抽象的人类之爱，假借神意，教人服从统治阶级，追求彼岸世界的精神解脱。而洪秀全则强调现实社会的黑暗和不平，号召人民奋起反抗现实世界中的“阎罗妖”，“革故鼎新，莫不来王来享；斩邪留正，莫不同心同德”，[20]建立“无处不均匀，无人不饱暖”的“新天朝”。这个“新天朝”并不在彼岸世界的天国，而是在此岸世界的人间。
其二，组织系统性质的不同。西方基督教是纯粹的宗教组织，其宗旨唯在追求个人的精神超脱、灵魂不朽及人类博爱，其组织活动完全是单纯的宗教行为。以来华天主教为例，早在明末时罗马教廷就设立澳门主教区，在中国建立自己的组织系统。到清代，来华天主教逐渐形成总本堂区、本堂区和堂口三级组织机构，设主教、司铎、神父等神职人员进行管理。堂口是天主教的基层组织，也是天主教徒进行宗教活动的场所。传教士笪良仁在1845年9月15日的信中对上海地区的堂口作了这样的描述：
