清代的佛教（道教亦然）受到国家政治的严格控制，在统治阶级允许的范围内存在发展。清政府对于佛教，既不尊之为国教，又不予以禁止，而是采取笼络政策，把它的活动纳入自己统治的轨道，发挥其补充儒家思想的教化功能。为了更好地利用佛教，清政府设有专门性的管理机构，在北京的叫僧录司，在府、州、县亦设相应的官职。僧录司设置左右“善世”各1人，正六品；左右“阐教”各1人，从六品；左右“讲经”各1人，正八品；左右“觉义”各1人，从八品，执掌佛教之事，并分别在东西南北城设僧官8处。僧官的选取升补，由内务府办理，礼部给札。地方上的僧官，设于府下的有僧纲司，设都纲1人，品秩从九品；副都纲1人，品秩未入流。二者均为一府管理僧人之官员，例择通晓经义，恪守清规的僧人充当，由礼部移咨吏部注册。各州管理僧人的机构叫僧正司，内有僧正1人，品秩未入流。各县的机构叫僧会司，其品秩、升转补授均与州僧正相同。对于盛行在西藏、青海、蒙古等地区的藏传佛教，清政府则采取完全扶植的政策，通过宗教的力量来加强这些地方与中央政府的联系，巩固国家的统一。早在顺治年间，西藏宗教领袖达赖五世应召入京，接受清朝册封。此后，清政府确定了西藏地区政教合一的制度，所有该地区的寺庙和喇嘛都归清朝理藩院管理。西藏地区的宗教领袖则由“金瓶掣签”的方式产生。其方法为把寻得的若干“灵童”的名字写在象牙签上，置于金瓶中，由驻藏大臣在大昭寺监督抽签掣定。晚清时期的三位达赖喇嘛（达赖十一世、十二世、十三世）中有两位（达赖十一世、十二世）是通过这种方式确立的。1875年（光绪元年），十二世达赖暴死布达拉宫，清政府选派济咙通善呼图克图担任摄政，同时命令寻访十三世达赖灵童。经过多方寻找，只访到一位符合条件的灵童。于是八世班禅、摄政通善呼图克图、三大寺和札什伦布寺的全体僧俗官员联名向清政府上书，因灵童只有一名，且经各方公认，请免予金瓶掣签，得到清廷的允准。1877年初，清廷颁布上谕称：“贡蔼仁钦之子罗布藏塔布开甲木错，即作为达赖喇嘛之呼毕勒罕，毋庸掣瓶。”[28]达赖十三世的确立算是一个例外。流行于蒙古地区的喇嘛教领袖，即活佛，其产生的方法亦与此相同，也是由金瓶掣签产生，但掣签的地点是在北京雍和宫，掣签时由理藩院大臣在场监督。总之，清政府在蒙藏地区实行的宗教政策是行之有效的。它通过金瓶掣签等方法，把这些地区的宗教领袖笼络在自己周围，从而控制了这些地区的佛教僧众。
然而，晚清时期的动**岁月也给佛教发展造成了一定的空间。因为动**的社会大大加剧了人们的不安全感和对身家性命的担忧，这就驱使人们把自己的前途命运寄托在神灵仙佛的保佑上，为佛道寺观争得源源不断的善男信女。正由于此，晚清佛道两门仍然保持着多达百万的门徒。[34]各地寺庙举行的庙会经久不衰，带有广泛的群众性、持久性，也是晚清佛教得以曲折发展的一个重要因素。有人在谈到晚清佛教的状况时说：“寺院遍郡邑，供奉文殊、普贤、释迦、观音诸像。晚近信徒多乏知识，但业忏醮为生计。男称僧，女称尼。唯人情每不能脱然于生死之际，故中下社会仍多信之，用以治丧，外人遂称我国为佛教国。”[35]
二、佛学的兴起
晚清时期的佛教呈现出衰落趋势，而佛学则在文人士夫中间兴盛起来，且愈演愈烈，一枝独秀，形成晚清佛教发展的一大特色。
