咸丰初年，太平天国农民起义震动了全国，沉重地打击了地主阶级的统治。清王朝一方面调兵遣将实行武力镇压，另一方面打出“卫道”的旗帜，号召振兴孔孟程朱之学，加强封建思想的统治。曾国藩在《讨粤匪檄》中攻击太平天国破坏封建秩序是“举中国数千年礼义人伦，诗书典则，一旦扫地**尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子、孟子之所痛哭于九原”，重申孔孟程朱所宣扬的“君臣父子，上下尊卑，秩然如冠履之不可倒置”[19]，呼吁广大士人“崇正学”，“卫圣道”，反对太平天国的“邪教”。曾国藩的这篇文章再一次传达了封建统治阶级强化儒学思想控制的政治信息。1860年以后，清政府采取了一系列崇儒重道的措施。先是清朝江南大营溃败后，清政府任命曾国藩为两江总督，授以实权。北京政变后，慈禧等人十分注重对理学儒臣的提拔重用。除曾国藩外，倭仁、李棠阶、吴廷栋等理学名臣一一得到提拔重用，或者参与枢府机要，或者被授予六部要职。他们执掌要职后，无不以倡导程朱理学为己任。倭仁当了大学士，掌管了翰林院之后，立即着手制定新的《翰林院学规》，把《四书》《朱子语类》《朱子大全》等理学读本，定为翰林院学士的必读之书，以培养讲求性理之学的风气。官方控制的各级教育机构也都如法炮制，增加理学课程的内容，甚至连洋务学堂也不例外。上海广方言馆的《课程十条》就规定：“于课文之前一日讲解《养正遗规》《朱子小学》诸书，若有进境，则授以《近思录》及《朱子全书》《性理精义》各篇。诸生听讲时，一态凝神，退而精心体认，笃实践履，庶于言行之际，敬肆之分，皆有所持循焉。”[20]
为了大力倡导“正学”，端正士习，清政府还在1860年发布上谕，规定“嗣后从祀文庙，应以阐明圣学，传授道统为断”[21]，严格了从祀文庙的入选政治标准。此后，清政府根据这条上谕，不断对故去的和健在的正统派名儒进行表彰，为广大士子树立效法的榜样。1870年，清廷“恩准”张履祥从祀孔庙，次年下令重刊张履祥的著作《杨园先生全集》。张氏是清初著名理学家，被唐鉴尊为代表清代理学道统的四位“传道”者之一。1876年，费延厘奏请将张伯行从祀文庙。张伯行是清初与张履祥齐名的理学家。同年陕西理学名儒王建常也被请从祀文庙，另一位名儒李元春则被允准将其事实交付国史馆，列入儒林传。对于健在的理学家，清廷同样不遗余力地予以表彰。1868年，侍郎胡肇智进呈安徽理学家夏炘所著《恭译圣谕十六条附律易解》及《檀弓辨诬》《述朱质疑》等书。清廷褒奖夏是“年届耄耋，笃学不倦”。前一种书由武英殿刊印，颁发全国，后两种“均著留览”。1874年，陕西和山西两省学政分别为贺瑞麟、杨树椿、薛于瑛等人请受京衔。清廷以这三人宣讲正学有绩，皆赐国子监学正衔。由于清政府的奖掖，崇尚儒学，讲求封建道德教化的风气一时盛行起来。
