管理学生指导思想上的分歧。陈兰彬等人虽然参与主持留学生工作，但其内心“视中国学生之留学外洋，素目为离经叛道之举”。[14]因此，他们管理留学生的宗旨是约束言行，防范不轨，因而对留学生的言行做了种种限制：不许随房东作祈祷，不许假日赴教堂观光，不许改穿洋装，甚至对平日的游戏、运动也要进行苛求。对此，容闳并不以为然。他认为，入乡随俗，人之常情，一些人受到外洋习俗的影响是很自然的事，“不足为学生责也”。领队官员不应该在这些枝节问题上吹毛求疵，过多指责。每当学生与陈兰彬等人的苛求发生冲突时，容闳往往替学生辩解说情，结果陈兰彬埋怨容闳偏袒学生，两人之间的意见分歧更加严重。
对学生学习内容的分歧。为了使留学生不忘君亲大义，不为“异学”所惑，清政府规定留美学生要“肄习西学仍兼讲中学”，并规定，“每遇房、虚、昴、星等日，正副二委员传集各童宣讲圣谕广训，示以尊君亲上之义”。[15]陈、吴以此为据，大加发挥，增加诵读儒经的时间和内容，对容闳安排的教育计划，包括学生的业务学习内容“处处吹毛求疵，苛求其短”[16]，并且中伤容闳“偏重西学，致幼童中学荒疏”[17]。容闳则反对陈、吴增加过多的中学内容，认为幼童赴美应该“学成种种专门学术，毕业归来，能为祖国尽力”[18]。他所说的专门学术，是指各种自然科学和技术知识。
对留学生在美国表现的不同估价。陈兰彬、吴嘉善认为，由于容闳的放纵，留学生们已经沾染了“恶习”，中了“洋毒”。吴嘉善向国内散播说，幼童在美国学业废弛，整日游乐，参与秘密社会，行为不轨，不敬师，不守法，甚至断言：“此等学生，若更令其久居美国，必致全失其爱国之心。他日纵能学成回国，非特无益于国家，亦且有害于社会”。[19]容闳则反对这种看法。认为中美两国国情不同，因生活环境的差异而引起学生习性的改变完全是正常的现象，不必大惊小怪。幼童来到美国不仅没有变坏，反而受益匪浅。其进步主要表现在卸去了精神负担，思想开化，眼界开阔，不再像国内那样“安行矩步，”而是变得开朗、活泼了。
陈兰彬等人除了在美国处处与容闳为难之外，还不断向朝廷及李鸿章报告容闳及留学生们的“越轨”行为。1878年，清廷以留学事务“废弛”，饬令李鸿章、刘坤一及陈兰彬等严加整顿，对留学生加紧控制，“如有私自入教者，即行撤回”。不久，容闳被派往旧金山领事馆充当译员，吴嘉善掌握了“整顿”留学事务的大权。经过一番整顿，吴嘉善得出这样的结论：“外洋风俗，流弊多端，各学生腹少儒书，德性未坚，尚未究彼技能，实易沾其恶习，即使竭力整饬，亦觉防范难周，极应将局（指驻洋肄业局）裁撤。”[20]1881年3月5日，担任出使美日等国大臣的陈兰彬在递呈朝廷的奏折中完全同意吴的结论。6月19日，总理衙门奏请将出洋肄业幼童全行撤回，获得批准。同年7月，清政府解散驻洋肄业局，开始撤回留学生。120名留美学生除因事早已返回及病故外洋的26名外，其余94名均于年内分三批回国。刚刚起步的留学事业，因顽固派的反对阻挠而夭折了。
以上三场论争，都是围绕着在办洋务过程中遇到的具体问题而展开的，但论争的实质是要不要学习西学（这里的西学仅限于自然科学范围），反映出两派对西方文化的不同态度。洋务派与顽固派都来自清王朝封建统治营垒，在阶级属性上并无本质差别，他们的目的都是为了封建专制统治。其差别或不同就在于用什么手段、通过什么途径维护封建统治的问题。洋务派能够面对现实，承认西方科学技术的优越性，主张通过学习“西用”来增强国力，维护封建统治；而顽固派却无视西方科学技术的先进性在两次鸦片战争中显现出来的事实，也不承认中国在这方面的落后，依然用早已过时的“夷夏之辨”观点来看待西方，看待西方文化，反对学习西方的任何举动。因此否认二者的区别，或夸大二者的对立都是不符合历史实际的。
从近代思想发展的角度看，这个时期洋务派和顽固派的论争具有一定的积极意义。第一，冲击了传统的“夷夏之辨”观念，陈腐的“夷夏”观被否定，等于拆除了横亘在中西方文化之间的一道屏障。第二，为西学在中国的传播制造了舆论。在论争中，洋务派以鲜明的态度肯定了西学的优越性和必要性，提高了西学在中国的地位。尽管顽固派在论争中气势汹汹地兴师问罪，但西学在中国的传播非但没有因此而中止，反而越发受到人们的重视。
