智实虽死，道徒们仍不罢休，他们乘胜打击僧徒。贞观十三年（639年），道士秦世英告发僧徒法琳所撰的《辨正论》，攻击老子，“讪谤皇宗，毁黜先人，罪当罔上”。太宗于是大怒，即令推问法琳，沙汰僧尼。其时法琳不仅坚持《辨正论》观点，并进而以唐王朝之祖出自“北代李”而非“陇西李”答太宗之问；同时还对老聃家系进行攻击。太宗极为愤怒，欲置法琳于极刑，法琳害怕，表示认罪，最后被流放益州，病死于途中。[19]至此，唐初围绕傅奕反佛而展开的佛道之争，在统治者的政治干预下，以道徒暂时占了上风而告一段落。
唐高宗、武则天时，围绕着沙门应否向王者致敬、《化胡经》之真伪以及争夺皇权的需要，佛道之争又趋激烈。
唐高宗执政前期，对佛道都很尊崇。他曾多次召集佛道名流在宫廷论议，调和二教的矛盾。后来，当他看到道徒在论议中总是败北，乃至狼狈不堪；社会上也出现了著名道徒郭行真弃道皈佛之事；特别是唐高宗的皇后武则天，竟然利用佛教为她夺权服务。唐高宗感到以李姓老子为教主的道教处此劣势，对巩固皇权不利。为了维护李唐王朝的统治，使道徒更好地神化王权，他采取了许多措施，诸如追认老子为太上玄元皇帝，亲赴亳州参拜老子庙，命道士隶属管理皇族的宗正寺，贡举人加试《老子》等，扶植道教。不过由于佛教势力远胜于道教，道徒根本不是僧徒的对手。加之他自己又病魔缠身，大权逐渐旁落于武则天，所以他所做的这些努力，都因力不从心，并未能扭转既成之势。当龙朔二年（662年），他诏令沙门敬拜君亲时，京邑僧徒二百余人曾上表公开对抗。他们还串通王公贵族袒护释氏，唐高宗不得不被迫取消诏令。[20]麟德元年（664年），唐高宗令造老子像，敕送芒山。长史韩孝威，“妄托天威，黄巾扇惑，私嘱僧尼，普令同送”，也因僧徒反对而止。[21]
关于《化胡经》之真伪，历来是佛道论争中最敏感的问题。这时佛教徒乘势抨击《化胡经》，要求唐高宗下令禁毁。显庆五年（660年），高宗召集僧人静泰与道士李荣在洛阳宫中辩论《化胡经》之真伪，双方针锋相对，引经据典，各执一词，辩到后来二人甚至口出不逊，互做人身攻击，高宗只好敕令暂时停止辩论。[22]总章元年（668年），根据僧徒要求，高宗重诏僧道百官于百福殿议《化胡经》，辩论结果是道徒失利。唐高宗在众目睽睽之下，也不好过分偏袒道教，只得下诏搜集天下《化胡经》焚弃，宣布其不在道经之数。[23]道士桓彦道等上表乞留，也无济于事。
佛教徒们还要求调整道先佛后的政策。显庆二年（657年），唐高宗曾召法师惠立与道士张惠元辩二教先后，大臣临证，道士失利。[24]朝中大臣也有附和者，御史冯神德乘机上《释在道前表》。至上元元年（674年），唐高宗为了平息佛道之间的矛盾，装出一副公允的姿态，下诏规定：公私斋会及参集之处，道士女冠在东，僧尼在西，不须更为先后。[25]让佛道二教平起平坐。
唐高宗郁郁而死后，武则天登位，因为佛教为她执政大造舆论立下汗马功劳，于是下令：“释教开革命之阶，升于道教之上”[26]，并取消了太上老君玄元皇帝的称号，罢贡举人习《老子》。僧徒得此助力，如虎添翼。而道徒在佛道之争中，虽有叶法善那样“雅不喜浮屠法，常力诋毁”[27]的著名道士，但总的来说，处境更趋狼狈。在道教处于极端不利的形势下，出现了比郭行真更彻底的叛道者杜乂。
