三阶教鄙视上层僧侣的豪华生活，厌弃宗派之间的互相攻讦，所以也受到其他宗派的讨伐。律宗的开创者道宣对信行及其著作，就颇多微词，他在《大唐内典录》卷五《隋朝传译佛经录》中对信行著作的评价是：“此录（指《对根起行杂录集》、《三阶位别录集》），诚并引经论正文，而其外题，无定准的。虽曰对根起行幽隐，指体标榜，于事少微。”道宣之后，三阶教及其经典更被斥为异端和伪经。唐明佺等人的《大周刊定众经目录》，把三阶教的经典列入“伪经目录”，并说三阶教“既违背佛意，别构异端，即是伪杂符箓之限。……不敢妄编在于目录，并从刊削，以示将来”[55]。《开元释教录》的作者智昇也将三阶教经典列入《伪妄乱真录》，并说：“信行所撰，虽引经文，皆党其偏见，妄生穿凿，既乖反圣旨，复冒真宗。……不敢妄编在于《正录》，并从刊削，以示将来。”[56]净土宗的怀感在《释净土群疑论》中，反复批驳信行关于“三阶”的观点，挖苦他不自量力，胡言乱语，指责三阶教自相矛盾。唯识宗的窥基在《西方要诀释疑通规》里，也针对“三阶行者五种小疑”进行了责难。道镜、善道在《念佛镜》中，也对三阶教的思想进行了反复的批驳，最后说：“……亦曾有数个三阶，舍三阶法，归依念佛。”[57]表示他们的“念佛法门”胜过三阶教。
除了从“教义”上来反对三阶教外，还有对三阶教人进行恶毒咒骂的。如唐临《冥报记》卷里说信行等人死后，堕入“地狱”，变做“乌龟”。怀信的《释门自镜录》卷上说信行死后变成了“遍身是口”的大蛇及三阶禅师被神鞭打。
三阶教虽然遭到统治者的禁断和正统的佛教徒的围攻，但它在民间仍暗中秘密流行。由此可见，一种思想的产生和流传自有其相应的社会基础，单凭粗暴的政治禁毁和简单的谩骂攻击是不能阻止它的传播的。
五、佛教各宗派的融合[58]
隋唐佛教各宗派虽说歧义杂陈，但它们毕竟是在同一棵树上结出来的果子，所谓万法归宗，其实质还是一致的。
隋唐佛教宗派多讲心性之学。玄奘从印度取经回国后，创立了法相唯识宗，介绍了万物唯识所变的主张，推动了其他宗派对于心性问题的探讨研究。“明心见性”、“即心成佛”、“知心为体”、“性体圆融”、“无情有性”等，论说纷纭，形成了各具特色的心性论。而止恶从善，排除欲望，发明本心，是各宗心性学说的基调。唐代几个重要宗派的学说，都可谓是心性之学。如天台宗著名学者湛然提出“无情有性”说，宣扬没有生命的东西（“无情”）也有佛性。这比一切众生都能成佛的说法更为彻底，把成佛的范围无限地扩大了。再如禅宗倡导“净性自悟”说，认为人的本性、本心都是清净的，一个人只要认识本性、本心就是解脱。由于人的自心本性是清净的，因此一切事物也都在自性中。禅宗以心性论为核心，把心性论和本体论、成佛论结合起来，是对心性论的重大发展，对宋明理学也有深远影响。
和心性论密切联系的是，隋唐佛教宗派还阐发了几种唯心主义本体论。这些本体论的思想路线基本上是相同的，但也有一定区别，至于具体内容，相去就远了。这些唯心主义本体论大致有两大类型：一是法相唯识宗，宣扬主观意识是万物的本原，一切现象都是识的变观，这是典型的主观唯心主义。二是天台宗、华严宗、禅宗等都主张以众生共同具有真心（自心、本心）为世界万物的本原，这是典型的客观唯心主义。天台宗倡导“一念三千”说，华严宗鼓吹“法界缘起”论，禅宗宣扬“自心顿现”说，都以真心为万物的本原。但在论述真心如何派生、显现万物方面，则说法各异，形成不同的宗派。这是佛教宗派客观唯心主义多样性的反映。
隋唐佛教宗派还阐发了独立多样的神秘主义认识论。天台宗提出“一心三观”和“三谛圆融”的说法。“一心三观”，是说一心中同时存在不可分割的三种观法——空观、假观和中观，对于世界万物，一心可以同时从空、假、中三方面去观察，空、假、中三谛是统一的、互不妨碍的，这就是“三谛圆融”的真理观。法相唯识宗宣扬“三性”说，认为一切现象都有三种不同的相状，认识了这三种相状，也就认识了一切现象的实相。华严宗在认识论的基本理论是“一真法界”观，这种法观包含了许多丰富的内容，其重心是在“理事无碍”说的基础上，宣扬“事事无碍”说。华严宗人讲“一真法界”观，其真意在于说明宇宙间的各种事物和各类关系就是“圆融无碍”的。禅宗认识论就是著名的“顿悟”说。禅宗认为，世人本来就具有佛教的高超智慧，只是因为被妄念的浮云所覆盖，不能自我证悟。一旦去掉妄念，就会顿见真如佛性。上述佛教宗派的认识论是和本体论以及修持方法完全混合在一起的，是为成佛作论证的，其基本性质是阐发一种神秘的直觉。
隋唐佛教各宗派之间在争论中也开始了融合，出现了不少兼修各宗学说的名僧。率先大力消除禅教对立，宣扬禅教一致的是唐僧宗密。他既是华严五祖，又是禅宗菏泽神会的四传弟子。他认为佛内心的意向和佛言说的教义是完全一致的，又说一部大藏经论只有三种言教，禅门修行也只有三宗，而这三教三宗则是相应相合的。三种教是密意依性说相教（相当于唯识宗）、密意破相显性教（相当于三论宗）和显示真心即性教（相当于华严宗）。三种宗是息妄修心宗（指神秀等北宗禅师）、泯绝无寄宗（指牛头宗）和直显心性宗（指洪州、菏泽等宗）。上述三教和三宗依次配对，互相融摄，从而论定“三教三宗是一味法”。这开了宋以后佛教各宗派之间互相融摄的先声。
