禅宗主张以禅定概括佛教的全部修习，以觉悟所谓的众生心性的本原佛性为主旨，自称“传佛心印”，分为渐悟和顿悟的南、北禅宗，南宗为主流，这是一个完全中国化的佛教宗派。主张不立文字，教外别传，但六祖《坛经》却备受推重，此外，还推崇《金刚经》。
由于佛教各宗派所推崇的经典不同，这就导致了它们在理论学说和修持方法上也大不相同。大致说来，隋唐佛教各宗派约略可分为两类：一类是基本上照搬印度佛教，结合中国传统思想较少，因而其思想变化也很少，如吉藏创立的三论宗、玄奘及其弟子窥基创立的唯识宗、善无畏和金刚智及其弟子不空创立的密宗。三论宗继承印度大乘佛教中观学派的学说，宣扬非有非空的双重否定的思维方式。唯识宗以繁琐分析为特征，它还一味恪守印度佛典的教条，硬是坚持有一类人不能成佛的主张。这两宗都因不适应中国现实的需要，虽然也曾盛极一时，但很快就衰落了。密宗所提倡的一套理论，尤其是乐空不二的密法，与儒家伦理思想直接抵触，而流传不广，只在西藏地区获得流行。另一类是结合中国传统思想而创立的宗派，如天台宗、华严宗、禅宗等。这些宗派的中国化色彩很浓，禅宗尤其突出。净土宗系继承印度佛典的思想创立，但在印度没有立宗，所以也是中国特有的宗派。这四个宗派，尤其是前三个宗派，可说是隋唐佛教的主流、中国化佛教的主体，在中国佛教史上占最重要的地位。
四、对“异端”的讨伐
在隋唐佛教各宗派中，信行创立的三阶教可谓佛教异端。它宣扬世界已进入末法时期，众生不应只满足于念一佛、诵一经，而应普归一切佛（“普佛”），普信一切佛法（“普法”）。宣扬皈依普法、普佛，为末法众生唯一得救的法门。在修持方面，三阶教主张忍辱苦修，乞食为生，一日只食一餐。反对偶像崇拜，不主张念阿弥陀佛，认为一切众生都是真佛，所以路见男女一概礼拜，称为“普敬”。信行放弃上层僧人身份“比丘”，甘做小“沙弥”。它对上层僧人，颇为不敬，大骂他们统统是“鬼”、“魔”、“外道”，甚至是“恶贼”、“狗菩萨”、“驴菩萨”等。他所大讲的“普法”，也把拥宗自重的各宗派给一概排除了。所以，三阶教受到来自世俗和僧界两方面的攻击。
三阶教所宣扬的这套末世理论，不符合隋唐盛世的社会心理，统治者担心这种末世思想会动摇国政，一直将其视为异端而三番五次地下令禁止。隋文帝、武则天、唐玄宗都曾下过禁断三阶教的诏令，但三阶教的生命力很旺盛，直到唐末，社会上还有三阶教活动的迹象。可见三阶教在下层群众中，还是拥有广泛的影响的。另外，三阶教经营“无尽藏”，建立了本派独立的经济基础。
