皮日休反对后世君主争天下的思想，是从儒家观点出发的，他在《读司马法》中还说：“孟子曰：我善为阵，我善为战，大罪也。”因此，他也不否认封建社会的制度，而是站在儒家的立场上提出了一系列的改革主张，首先他在思想领域呼吁重振儒家的道统权威，推崇韩愈和韩愈的道统说。他在《请文公配飨太学书》中称韩愈“身行圣人之道，口吐圣人之言。行如颜、闵，文若游、夏”。尤其是韩愈的文章，裨造化，补时政，“蹴杨、墨于不毛之地，蹂释老于无人之境，故得孔道巍然而自正”。因此建议将韩愈列入太学供奉的圣贤之列，说：“夫孟子、荀卿，翼传孔道，以至于文中子。”“文中之道，旷百祀而得室授者，惟昌黎文公。”因此，“请命有司定其配享之位”。此外，皮日休还推崇王通，在所作《文中子碑》中，将王通比于孔孟，自称为王通的学生，以道统传人自居。
皮日休在《请〈孟子〉为学科书》中，又称孟子之文“继乎六艺，光乎百氏”，“孟子之功利于人”，所以建议朝廷在科举考试中增加《孟子》科目，而“去庄、列之书，以孟子为主”。他推举孟子的原因也是从孟子“翼传孔道”出发的。
从皮日休的上述观点可以看出他在唐朝日益衰败的情况下，认识到强化思想统治的必要，他发扬了韩愈的道统说，受到宋儒及其以后儒家学者的赞同。宋代《孟子》被列入科举考试科目，说明皮日休的思想符合封建统治者强化思想统治的需要。
皮日休所注意的土地兼并、轻视农桑、赋税不合理、游民问题，是当时社会经济普遍而主要的问题。他提出的改革措施和把赋税作为调解经济的一种手段的认识是很有见地的。
关于把赋税作为调解经济手段的认识和做法古已有之，如商鞅在颁布垦荒田的命令时，提出了20种重农办法，其中之一是：“禄厚而税多，食口众者，败农者也”，所以主张对“禄厚而税多”的官僚地主，征收其食客的人口税，并加重徭役。[30]又《管子·国蓄篇》中说：“夫以室庑籍，谓之毁成；以六畜籍，谓之止生；以田亩籍，谓之禁耕；以正（征）人籍，谓之离情；以正（征）户籍，谓之养赢，五者不可毕用，故王者偏行而不尽也。”也就是说，如果按房屋收税，就是毁坏建筑；如果按家畜收税，就是禁止牲畜的饲养繁殖；如果按田亩收税，就是禁止耕种田地；如果按人口收税，又不符合情理；如果按户籍征税就是对富家大户有利。因此五种税不能同时征收，“王者”要有所选择而侧重。皮日休关于税收的理论是对这些理论和做法在新的历史条件下的一个继承和发展。
皮日休非常推崇孔子，他在《襄州孔子庙记》中称：“尧之德，有时而息，禹之功，有时而穷，夫子之道，久而弥芳，远而弥光，用之则昌，舍之则亡。”但他在具体事情和观点上有着自己的看法，如他在《陵母颂》中称：“孔子称惟小人与女子为难养也。夫女子之忠贞义烈，或闻于一时，小人之奸诈暴乱不忘于一息，使千百女子如小人奸诈暴乱者，有矣；使千百小人如女子忠贞义烈者，未之有也。”此外，皮日休在他的著述中，还有很多无神论的思想观点，如他认为世上万物是由气自然形成的，其《霍山赋》称“太始之气，有清有浊。结浊为山，峻清为岳”。他还对世俗迷信观点作了一些批判，这主要表现在《相解》一文中。
《相解》是专驳相面术的。所谓“相面”就是从观察人的容貌特征和气色判定人的吉凶祸福。
《相解》首先揭示了迷信相面自相矛盾的心态。他说，现在给人看相者，称某人有龙相，某人有凤相，某人有牛马相，而其日后成为公侯，或卿相，是因为“其相类禽兽，则富贵也”。这真是怪哉！天地之间，万物之中，人最尊贵，难道“人有真人形而贱贫，类禽兽而富贵哉”！
