三论宗的中心理论是以真俗二谛为纲，从真空的理体方面揭破一切现象的虚妄不实，宣传世间、出世间等一切万有都是众因缘和合而生，是无自性的，也就是毕竟空无所得，但为引导众生而用假名来说有，这就是“中道”，就是一切无所得的中道观。若依此宗的无所得理论，成佛也是依假名门的方便说教，人亦无佛可成。他们破除对涅槃有得的执着，理论上虽然彻底，但却造成了信仰上的困境。吉藏门下有慧远、智凯、硕法师等。硕法师门下的元康曾在唐太宗时奉诏入长安讲“三论”，著述颇多，今仅存《肇论疏》3卷。另外，吉藏门下有高丽僧慧灌，传三论宗于日本，为第一传，二传智藏，三传道慈都曾来中国留学。三论宗在日本奈良时代颇为流行，但在中国流传不久便趋衰微。
3．信行和三阶教 三阶教为隋代信行所创立，因主张佛教分为三阶，故名。又因主张普遍信奉一切佛法，也称“普法宗”。
信行（540—594年），俗姓王，魏郡（治所在今河南安阳）人。少年出家，博涉经论，重视修持。隋开皇初被召入京，建立三阶道场，宣扬三阶教。三阶教的出现反映了北朝两次灭法事件在佛教界所投下的浓重阴影。南北朝末期，《摩诃摩耶经》和《大集月藏经》相继译出，其中的“末法”思想在佛教徒中产生了强烈影响。信行所创立的三阶教以他所著的《三阶佛法》为主要依据，把全部佛教按“时”、“处”（所依世界）、“机”（根机，指人）分为三类，每类又各分为三阶：第一阶从佛灭后500年间为“正法期”，“处”是净土佛国，只有佛、菩萨修持大乘一乘佛法；第二阶从佛灭后600至1600年间的1000年为“像法期”，“处”是秽土，人是凡圣混杂，流行大小乘（三乘）佛法；第三阶是从释迦牟尼死后1600至10000年间为“末法期”，“处”也是秽土，人是“邪解邪行”，佛教日益衰微。信行认为当时已进入末法时期，众人不应满足于只念一佛、诵一经，而应普归一切佛（“普佛”），普信一切佛法（“普法”）。三阶段宣传皈依普佛、普法，为末法众生唯一得救的法门。
三阶教在宗教实践中，提倡以苦行忍辱为宗旨，乞食，一日一餐。反对偶像崇拜，不主张念阿弥陀佛。认为一切众生都是真佛，所以路见男女一概礼拜，称为“普敬”。死后实行“林葬”，即将尸体置于森林，供鸟兽食用，称之为以食布施。还经营“无尽藏”（储蓄信施之款），劝信徒施舍钱粮由寺院库藏，然后布施或借贷给贫苦信徒，也供修缮寺塔之用。这样就拥有了本派独立的经济基础。
信行本人身体力行，他的行为近乎苦行僧。信行的弟子有本济、净名等多人，在长安建有化度、慧日、光明、慈门、弘善5寺，盛行一时。但三阶教的这套末世理论不符合隋唐时期封建盛世的社会心理，在社会上影响始终不大。且统治者担心这种末世思想会动摇国政，一直将三阶教视为异端。隋文帝开皇二十年（600年）朝廷明令禁止，唐武后证圣元年（695年）还明令判为异端，唐玄宗开元元年（713年）废止无尽藏院，断绝其经济来源。但由于三阶教鄙视上层僧侣的豪华生活，厌弃宗派之间的相互攻讦，且“无尽藏”对下层僧侣和民众有一定的吸引力，所以三阶教仍得以在民间暗中流行三百余年，直至唐末才湮没无闻。不过其传承谱系不甚清楚。
4．玄奘西行和法相唯识宗 法相唯识宗是唐代玄奘及其弟子窥基创立的宗派。因用许多佛教范畴对世界一切现象进行概念的分析、解释，宣扬“万法唯识”的唯心论，故名。又因他们二人常住慈恩寺，窥基还被称为慈恩大师，所以又称慈恩宗。还因以《瑜伽师地论》为根本教典，又称瑜伽宗。《解深密经》、《成唯识论》，《瑜伽师地论》，即一经二论为此宗的最基本的典籍。
唯识宗的师承系谱如下：
无著——世亲——陈那——护法——戒贤——玄奘——窥基——慧沼——智周
