杨上善在隋朝曾任太医侍御，唐时又任通直郎、太子文学及太子司议郎等职，精于医和老庄之学，因感于《内经》繁杂，读之茫无津涯，而对《内经》的《素问》、《灵枢》两篇进行整理。他把两篇中的162小篇全部拆散，重新校注，并按其内容的不同性质，归纳为摄生、阴阳、人合、脏腑、经脉、腧穴、营卫气、身度、诊候、症候、设方、九针、补养、伤寒、寒热、邪论、风论、气论、杂病19类，在每类下又分若干小类，从而新编成《黄帝内经·太素》一书。
《黄帝内经·太素》是《内经》分类研究的成果，不仅加强了原书的系统性，而且对中医基础理论体系的形成起到了先导的作用。该书也是至今见到的最早的《内经》注本，对《内经》的注释考订科学正确，历来为研究《内经》的学者所重视。该书宋以后在国内失传，清代藏书家杨惺吾在日本的仁和寺发现该书唐代抄本。
到唐玄宗及其以后时期，著名医学家王冰又整理注释《内经》，撰成了《注黄帝素问》一书。王冰治学严谨，校注精慎，把原书重新编排，并根据先师张氏所藏秘本，补齐了《素问》所缺的第7卷。《注黄帝素问》合计24卷，81篇，大体分为养生、阴阳五行、脏象、治法、脉法、经脉、疾病、刺法、运气、医德和杂论等，文字通畅、简洁、精当，较齐梁时期全元起著的《内经训解》前进了一大步，此外，王冰在该书中对《内经》的理论也多有发挥，如在《素问·四气调神大论》注中认为：阴阳二气互为根本，只有“二气常存”，才能强身延年。又如在《素问·至真要大论》中，注说：“肝气温和，心气暑热，肺气清凉，肾气寒冽，脾气兼并之。”也即人体五脏性质是各不相同的，认识这一点，对探讨病理是非常重要的。
《注黄帝素问》对后世中医理论和临床实践产生了很大影响。
此外，唐初杨玄操还对《黄帝八十一难经》做了研究。他把《难经》81篇，归并为13类，并在东吴吕广所注《难经》的基础上，详加注释，撰成《黄帝八十一难经注》5卷。
隋唐五代时期，在临床辨症上也有了很大进步，这突出的表现在巢元方所著的《诸病源候论》一书中。
巢元方在隋大业年间（605—616年）曾任太医博士，在此期间，他和吴景贤主持编著了我国第一部病因学专著《诸病源候论》。
《诸病源候论》简称《巢氏病源》，成书于大业六年（610年），全书50卷，分为67门，1720论。书中自言“汤熨针石，别有正方”，所以“但论病源，不载方药”[37]。
全书记载了内、外、妇、儿、五官、皮肤等各科，在各科中又对各种疾病分类系统加以叙述。如在内科疾病中，首先把风病、虚劳病、热性病以及伤寒、温病、热病、时气病等全身性的大病列在前面，然后再根据脏腑系统、症候特征，把其他疾病分门别类进行叙述。又如把妇科疾病分为杂病、妊娠病、将产病、难产病、产后病五类叙述。这些分类比较科学，较前代有了很大的进步。其次对各种疾病的症状和病源的描述都比较具体和准确，如描写中风症状说：“风邪之气，若先中于阴，病发于五脏者，其状奄忽不知人，喉里噫噫然有声，舌强不能言。”又如解释“虚劳咳嗽”的病源说：“虚劳而咳嗽者，脏腑气衰，邪伤于肺故也，令人胸背微痛，或惊悸烦满，或喘息上气，或咳逆唾血，此皆脏腑之咳也。”从这些描述可以看出，作者把临床经验和《内经》的基本理论有机地结合起来，从而使我国中医临床理论发展到一个新水平。此外，该书有些描述，如“妊娠欲去胎候”、“金疮肠断候”、“拔齿损候”等，说明当时已能进行人工流产、做肠吻合和拔齿等手术，可惜具体方法不详，我们还不能了解这些手术的实际施行情况。
