在历史学范畴内批判神学迷信思想，刘知几也是不遗余力的。神学迷信史观在旧史中的表现，一是把一些自然灾异现象人为地与历史现实联系在一起，二是编造祥瑞符命，用天命论来解释历史。刘知几认为古代史官“闻异则书”，所以留下许多关于日食、山崩、陨霜、雨雹之类的记载，后人往往附会人事，使其神秘化。他首先列举大量史实，说明迷信史观的虚假，比如武王伐纣时曾占卜吉凶，结果是“龟焦蓍折”，这本是不吉之兆，但武王伐纣却取得巨大成功。又如宋武帝刘裕攻打卢循时，军中大旗杆折，按照迷信，这是出兵不利之兆，但刘裕果断出击，大败卢循。这说明历史大事的成败，是人主观努力的结果，与天变、灾异、占卜并没有必然联系，阴阳家往往故意神秘其事，“不凭章句，直取胸怀，或以前为后，以虚为实，移的就箭，曲取相谐，掩耳盗钟，自云无觉”[64]。他们往往同说一事，各主其说，矛盾百出，难以自圆，完全是自欺欺人。对于祥瑞符命，刘知几虽然没有彻底否定，但他认为“发挥盛德、幽赞明王”的祥瑞是千年不遇的个别现象，“近古”以来的祥瑞大多“非关理乱。盖主上所惑，臣下相欺。故德弥少而瑞弥多，政愈劣而祥愈盛”。[65]也就是说所谓祥瑞呈现，大多是统治者为摆脱政治危机而编造出来骗人的。对于符命、预言，刘知几也认为是不可信的，他指出：国家的兴衰治乱主要取决于统治者有德无德，因而，“夫论成败者，固当以人事为主。必推命而言，则其理悖矣”。他特别批判了司马迁《史记》中的命定论观点，指责他开了一个坏的史论传统，以致鱼豢《魏略》、虞世南《帝王略论》都承袭司马迁的观点，在解释辽东公孙述之败和南朝陈朝灭亡的原因时，均“以命而言”。这样“推命而论兴亡，委运而忘褒贬，以之垂诫，不其惑乎”[66]？也就是说这完全背离了史家的宗旨。刘知几对神学史观、天命史观的批判，体现了他历史观的唯物主义意识和理性主义价值。
三、《史通》的史学批评理论体系
关于《史通》一书的命名，刘知几在《自叙》中讲：“且汉求司马迁后，封为‘史通子’，是知史之称‘通’，其来自久。博采众议，爰定兹名。”确实，自“疏通知远”的《书》教发端，经“究天人之际，通古今之变，成一家之言”的《史记》的弘扬，“通识”学风成为中国古代史学的一个优良传统。《史通》一书的主要篇幅是从不同的角度，对古代史家和史著进行批评，申明自己的历史编纂学主张。这些看似林林总总的批评，实际上贯穿着一种“辨其指归，殚其体统”的“通识”，这种“通识”表现的就是刘知几史学批评的理论体系。
（一）“直书”论
《史通》中有《直书》、《曲笔》两篇，就史书撰述原则与修史态度问题，进行专门的讨论。
刘知几认为，史学的基本功能是“记功司过，彰善瘅恶”，“申以劝诫，树之风声”，而要达到这一目的，史家必以“秉笔直书”作为撰史的基本原则。因为只有“实录”、“直书”，才能激扬正气，“令贼臣逆子惧”，这就从史学社会功能的角度揭示了社会对史学的“直书”要求。接下来刘知几用较多的笔墨，对古代敢于“直书”的史家进行了表彰，从“仗气直书，不畏强御”的南史、董狐，“不虚美，不隐恶”的司马迁，到敢于“肆情奋笔，无所阿容”的韦昭、崔浩，刘知几认为他们尽管“周身之防有所不足”，“或身膏斧钺，取笑当时；或书填坑窖，无闻后代”，一个个没有什么好结果，但他们“烈士殉名，壮夫重气，宁为兰摧玉折，不敢瓦砾长存”的英雄气概和高贵品质，使他们足以“遗芳余烈”，成为后代史家永远尊敬的楷模。
