刘知几“多讥往哲，喜述前非”的治学精神的形成是有其渊源的。据刘知几自己讲，他“自小观书，喜谈名理，其所悟者皆得之襟腑，非由染习。故始在总角，读班、谢西汉，便怪前书不应有《古今人表》，后汉宜为更始立纪。当时闻者共责，以为童子何知，而敢轻议前哲？于是赧然自失，无辞以对。其后见张衡、范晔集，果以二史为非。其有暗合于古人者，盖不可胜纪。始知流俗之士难与之言，凡有异同，蓄诸方寸，及年过而立，言悟日多”。这说明刘知几自幼读书就不喜死背硬记、因袭陈说，而是要通过自己的理解，提出质疑。《史通》中的许多批判性的观点，就是刘知几长期在读书、思考中积累起来的。在治学方法上，刘知几非常推崇《淮南子》和扬雄《法言》、王充《论衡》、刘劭《人物志》、陆景《典语》、应劭《风俗通》、刘勰《文心雕龙》，他从中汲取了丰富的精神养料，从而确立了自己“上穷王道，下掞人伦，总括万殊，包吞千有”的治学道路和对古今人物学术加以与夺、褒贬、鉴诫、讽刺，攻击甚或牴牾，化除拘忌的批判精神。在他出任史官之后，他对官场的黑暗有了更清醒的认识，政治上感到悲观失望；他的修史工作又受到权贵的干扰和同僚的妒忌，以致“道不行”、“志不遂”。这些强烈的刺激，更增强了他对传统史学进行系统批判的理论勇气。
刘知几对旧史的批判，绝不徒托空言，而是有理有据。刘知几认为史家以“彰善瘅恶”为指归，“实录”、“直书”是史家最基本的价值取向，但在旧史，往或因统治者对修史的干预，或因史家的政治偏见、阿谀心态，或因修史者喜好标新立异，造成许多曲笔与虚妄之处，史学研究的首要任务是求实、存真。求实是批判的目的，批判是求实的手段，批判精神与求实精神融为一体，这是《史通》的基本创作方法。
《史通》对旧史的批判，主要是从历史编纂学的角度，评论其得失。但更能体现刘知几文化精神的是他对传统思想的怀疑与批判，对五行灾异、鬼神迷信思想的驳斥。
从汉代以来，孔子被视为“神而先知”的大圣人，成了我国封建时代的精神主宰，而儒家经典则成为人们必读的教科书。在史学领域，自董仲舒、刘向父子以阴阳五行解释历史之后，班固又在《汉书》中特设《五行志》，神学史观在史学领域中投下了浓厚的阴影。思想文化领域中的每一个制作，几乎都要直面这种思想阴影的笼罩。东汉王充首先向传统思想发起挑战，刘知几继承王充《论衡》“问孔”、“刺孟”的怀疑批判精神，写出了《疑古》、《惑经》及《〈汉书·五行志〉错误》[63]等战斗性极强的篇章。首先，他认为孔子虽然是一位“大圣大德”的伟人，但“尺有所短，寸有所长，其间切磋酬对，颇亦互闻得失”。接着就对孔子删订的六经提出批评，说《尚书》“略举纲维，务存褒讳，寻其终始，隐没者多”，并且对一些重要史事“芟夷不存”，有“理有难晓”之弊。而孔子修《春秋》“皆遵彼乖僻，习其讹谬，凡所编次，不加刊改”，以至“巨细不均，繁省失中”，“真伪莫分，是非相乱”，进而责问：“圣人立教，其言若是，”怎么可以称得上是“良史”呢？刘知几还对历代推崇的三皇五帝夏商周时代一些史事提出自己的看法。他认为古史记述的尧舜禹“禅让”是很值得怀疑的，他依据《山海经》“放勋之子为帝丹朱”的说法，推测尧舜“禅让”实际上是“舜废尧，仍立尧子，俄又夺其帝”；他依据《虞书·舜典》舜死于苍梧之野的说法，认为：苍梧地接五岭，地气瘴疠，舜在垂暮之年，远涉不毛之地，以至湘妃泪洒斑竹，哀怨幽恨而死，说明实际上舜是被禹放逐，老死于苍梧。正统思想往往言必称尧舜，刘知几揭穿了尧舜禹禅让的谎言，这种不盲从迷信、敢于怀疑的精神，不仅是一种可贵的治学方法，而且也反映了刘知几反对复古主义、主张历史进步的进步历史观。
