早在19世纪70年代，广东基督教徒陈梦南就提倡中国教徒应自主传教，自理自立，并发起成立华人宣道会，为中国基督教自立运动之始。民国成立后，中国教徒建立的自立教会越来越多，1920年有80多所，1924年有330多所，1940年有600多所，抗战胜利后则达到1000余所。不仅遍及河北、河南、湖北、湖南、四川、浙江、江苏、山东、福建、广东、辽宁、陕西、山西等省，而且远播马来西亚、新加坡、印尼、韩国、日本、美国等地。其中较有名的有“教会聚会所”、“中华基督教会”、“福音堂”、“真耶稣教会”等。[46]
民国的基督教自立运动，具有强烈的爱国色彩，其矛头直指各国强加于中国的各项不平等条约，要求废除这些不平等条约。如1925年，王治心发起成立中华基督徒废除不平等条约促进会，开展废约运动，就受到了各自立教会的广泛支持。他们坚持认为外国人把持的中国教区各教会“不是为爱基督而来，更不是为爱华人而来”，因此坚决要求收回教权，脱离外国教会，中国教区各教会真正独立自主。他们也提出了“三自”主张，但内容确是“自有”、“自理”、“自享”，这就远较“本色教会”的“三自”彻底。后者根本未涉及教会所有权问题，只求与外国教会平等、均权。而后者理直气壮地提出了中国教会中国人所有，并付诸实践。
中国的基督教自立，在民国时期的发展并非一帆风顺。相反，在半殖民地的中国，其经历一波三折，颇为坎坷。蒋介石当政后，碍于和英美的关系，对宗教自治并不热心，又恐其有革命之嫌曾加以防范，这给基督教的自立带来了负面影响。1927年中国自立教会就曾达到600多所，但到了1935年只剩下200多所，只是在抗日战争时期民族情绪高涨，才又趁势而起发展了起来。
四、基督教文化与本土文化的“交融”
由于上述因素，民国基督教文化越来越呈现与中国本土文化交融结合的特点，这首先反映在教会的名称上，纷纷加上了“中国”、“中华”等字眼。如长老会、公理会、伦敦会合并在一起，统称“中华基督教联会”，信义会改称“中华信义会”，浸礼会改称“中华浸信会联会”，监理会、美以美会、循理会、循道会、美道会合并，统称“中华卫理公会”。
在教义上，则力图与儒家说教、佛家思想相契合。与儒家的交融方面，最显著的例子在于新译本《圣经》不仅引用儒家经典中的“上帝”、“神”来称呼基督教的造物主，而且《圣经》中的伦理道德说教也可经常与儒经相参证。举例而言，“爱人如己”与“己所不欲，勿施于人”、“爱仇敌”与“报怨以德”、“用诡诈之舌求财的，就是自己取死，所得之财，乃是吹来吹去的浮云”与“不义而富且贵，于我如浮云”、“我们知道神不听罪人，唯有敬奉神遵行他旨义的，神才听他”与“获罪于天，无所祷也”等都很类似，皆可互相参证。民国学者林悟真在其《宗教比较学》、周亿孚在其《基督教与中国》等书中都对基督教与儒学的关系做了论述。教徒聂云台则干脆主张“基督教儒教化”，完全用儒家思想来说明基督教。
对基督教与佛教的教义，很多基督教人士也力证二者相同。他们指出，《阿弥陀经》说西方有个极乐世界，耶稣也说有个极乐天堂；佛教认为“往生”分为九品，基督教也宣传天神分为九品；《阿弥陀经》说因果报应主要在死后证验，今生积善行德在来世才可得到真正的福报，耶稣也说不在人间行善，死后就不能升入天堂；佛教主张按时念佛名号，求佛接引，并以此为修证方法，基督教也把早晚祈祷上帝做为基督徒修行的方法；佛教讲“即心即佛”，耶稣则说：“上帝就在你的心中”，这都说明两教教义并无不同。一些基督教徒甚至据此主张“基督教佛教化”，把西洋的基督教完全中国宗教化了，张纯一等人是其代表。在他看来，真正的基督教“即是一部分之佛教”[47]，真正的基督徒，也就是佛徒。因此虽然他后来兼信了佛教，但也并未因此就全盘否定基督教、公开宣布自己不再是基督徒。他认为中国现行的基督教决非真基督教，因为中国现行的基督教是由西洋传教士传入的，而“西人来吾国传教者，毫无宗教的真学识；其程度又在不知基督真教义之马太、马可、路加下远甚；又不通中国文字，故所传者，绝非真基督教，纯是沿讹谬传之洋教”。中国的基督徒在他看来，自然也就不是真正的基督徒，“今之自命为基督徒，实则处处反背基督”[48]。
他接着就指出，真正的基督教“确是大乘佛法”；耶稣“确是菩萨摩诃萨。故其大慈大悲，救苦救难的心，无异观世音菩萨”；而上帝“即佛教之真如，与众生之心。无内无外，平等不二，即知人人都是上帝，只被肉体埋没耳”[49]。最后，他讲，正因为基督教只是佛教的一部分，因此“其法门远不及佛教圆满，其条理远不及佛教邃密”，也正因为如此，真正的基督徒即佛徒，而佛徒并非都是基督徒。
当时，持“基督教佛教化”论的基督徒，除张纯一外，还有一些人，比如有个署名鹏南的人，写了一篇文章《敬告奉耶教诸兄弟姊妹书》，我们从该文中可以看出他也属于这一类基督徒。
他在文中自述自己出身于基督徒家庭，从小就笃信基督教，从不敢违背上帝和耶稣的旨意。长大后离开江南去外地供职，接触了佛教，研究了佛学，发现“佛教具有圆融无碍之真理”，而相比之下，基督教所揭示的真理就比较有限了。这样自己虽然还未脱离教籍，仍以基督徒的身份向教会缴纳年捐、杂项捐、特别捐，但内心已自认是佛弟子了。
他反复申明自己虽然已在思想上“由耶入佛”，但并不否定基督教，对基督教并无恶感，只是觉得佛教教义更高明。“并非耶教全非，不过如大学与中学之比例耳。佛教则为真实之大学，吾辈既入中学，何不更进而升入大学。中学知其端，大学得其全，热心宗教者，谁不欲造乎极致。倘终身耶教者，决无登峰造极之日”[50]。
在他看来，基督教教义得宗教之“端”，讲的是宗教的基础知识；佛教教义得宗教之“全”，讲的是基础知识之上的高级内容。信奉学习了佛教，才能获得宗教的全貌，登上宗教认识的最高峰。既然如此，基督教就应该向佛教看齐，就应该佛教化。
民国基督教的仪规，也多多少少受到了中国佛教、道教的影响，而有些中国特色了。如上海宝兴路教会就曾采用佛教祈拜方式，在礼拜时燃香、跪诵经文。当时，经过变革有些中国化了的仪轨有以下这些：天主教徒通行“七圣事”，即领洗、坚振、告解、圣体、终傅、神品、婚配。而新教徒即狭义的基督教徒则主要从事两种圣事：洗礼和圣餐（圣体）。
