民国建立以来佛教还不断受到科学等新思潮的冲击。科学影响力之大，使太虚等有识之士不得不宣称佛教徒也应该以科学为本，并身体力行，提倡学习科学，努力使佛学与科学接轨，并顺应科学的进步而革新发展，以摒除“迷信”的恶名。他说：“现在是科学发达的时候，专尚物质文明，无论什么必须考验其有否真凭实据之存在。所以因神而设及不可审实的宗教均难存立。”但佛教并非因神而设，佛祖释迦牟尼只是“生于人世之一有情，而非所谓神秘之神道类。不过人格伟大、智慧圆满、道德超拔、慈悲深厚之一人”。他之所以被人们称颂，是因为他发现了宇宙人生的真理，这和科学家因发现事物的定理而被人们赞扬是一个道理，因此说佛教是无造物主无灵魂说的无神宗教。总之，“余之所取于佛教者，乃佛教之最上层究竟义耳。若通盘论之佛教，实兼有多神一神无神之性质者也，但就佛教之最上层乘与究竟义而论，实不可以寻常之宗教性质限之。其发挥无神之真理，最为透彻”[25]。
民国佛教界的上述现状，使有识之士迫切要振兴佛教，使佛教适应时代潮流、趋向现代化。欧阳渐和太虚都为此奋斗了一生。只是前者致力于佛教学术研究的现代化，而后者着力于僧伽制度的现代化。
民国的佛教革新，主要有两部分组成：一是欧阳渐倡导的以原始印度佛学、唐代唯识学来革新唐末以来中国传统旧佛学的“复古革新”；一是太虚领导的吸收现代新文化、新体制，革新旧佛制、旧佛事、旧佛徒的“纳新革新”。
欧阳渐提倡学习和研究印度佛典，特别是俱舍、瑜伽、般若、涅槃这四类，认为这样才能“先得佛之知见，念念皆一切智智”。他通过研究，指出从印度瑜伽行派发展而来的唐代法相唯识学实际上分为法相、唯识两学。“盖弥勒学者，发挥法相与唯识二事也，初但法相，后创唯识。……是法平等曰法相，万法统一曰唯识，二事可相摄而不可相淆，亦复不可相乱”。[26]
这就打破了认为法相和唯识是一种学的传统观念。欧阳渐的看法得到了一些人的赞同，如章太炎就评价说：“谓其识足以独步千祀”。
对于中国传统佛学精华所在的禅、天台、贤首（华严）宗，欧阳渐则提出了批评。指出中国的禅宗已非印度的法理严密的禅学，中国禅宗动辄主张废弃文字，置经论于不顾，只为口头禅，导致了佛法真义逐渐隐没不彰。他对天台、贤首两宗，则进行了根本否定，其方式，是先断析两宗的理论依据《楞严经》和《大乘起信论》是“伪说”，然后再顺理成章地否定两宗。他说：“贤首、天台欲成法界一乘之动，而义根《起信》，反窃据于外魔。盖性体智用樊乱淆然，乌乎正法？”[27]并认为唐代唯识学已将这两宗斥破，“一切霾阴**涤尽”，人们更不应该相信两宗的伪说。
欧阳渐的大弟子吕澂撰文指出，天台、贤首两宗主要的伪说是“性觉说”，而实际上，佛教真正的本义是“性觉说”[28]。他还认为，中国传统佛学禅、天台、华严、净土、密宗都是建立在这种错误的“性觉说”基础上的，因而都没有多大价值。“我国佛法自奘师一系中绝以来，正统沉沦，经千余载。其间虽然禅密台净之继起而盛，然于佛法精神背驰日远”。
欧阳渐等人论证了什么是真佛学，什么是伪佛学，指出信仰前者的佛徒才是真佛徒，反之则是伪佛徒。他说：“中国内地，僧尼约略总在百万之数。其能知大法，辨悲智，堪住持称比丘不愧者，诚寡若晨星。其大多数皆游手好闲，晨夕坐食，诚国家一大蠹虫，但有无穷之害，而无一毫之利者。”认为如果对这百万僧尼进行精细严格的审查，真正合格的佛徒“至多不过数百人”。其余的假佛徒，他建议把他们清理出去，让他们还俗，去当农民，去工厂做工，去经商，或者去读书。
太虚等人的佛教革新，主要体现在佛制佛事佛徒方面，核心是“整理僧伽制度”。
