1937年抗日战争爆发，侵华日军肆意摧残中国文化事业，对文物或掠夺或焚毁，据1945年10月“战时文物保存委员会”登记，战时文物损失共360多万件又1870箱，古迹741处。为避免文物少遭日军破坏，中国考古机构将所藏文物西迁。七七事变后，中央博物院筹备处即着手选择藏品，分装多箱，一部分密存南京朝天宫故宫仓库和上海兴业银行，大部分珍品则于1937年7月离宁迁汉，旋入川，在重庆南岸沙坪坝建库贮藏。1939年5月重庆遭日本飞机轰炸，6月中央博物院文物分3批迁昆明，小部分存四川乐山。1940年6月，因太平洋战争爆发，昆明遭日机轰炸，8月中央博物院筹备处再迁四川南溪李家庄。故宫博物院的文物在1937年8月运出第一批，由南京出发，经汉口、长沙，最后到贵阳安顺，1944年再迁巴县。第二批文物从水陆两路抢运，水路经汉口、重庆到乐山，陆路从南京下关装火车，经宝鸡、汉中、成都到峨眉。
中国考古学者在抗战后方的西南和西北地区，在艰难条件下，尽最大努力开展考古工作。
1937年中央博物院筹备处主任李济邀请留学欧美的吴金鼎、曾昭燏、冯汉冀、夏鼐等一批年轻的考古学者到筹备处工作。1938年，他们都来到了四川。冯汉骥只身一人前往四川西北部岷江上游羌族地区进行考察，在汶川县清理了石棺葬，后发表《岷江上游的石棺葬文化》一文，首次科学地报道了这类墓葬。1938年11月，吴金鼎去云南苍洱境大理附近调查南诏时期太和故城、白王冢、三塔寺等遗址和马龙、龙泉、中和等史前遗址；次年3月，他和曾昭燏、王介忱发掘大理附近的马龙、清碧、佛顶等6处遗址，同时又调查发现了一些新遗址；他们将苍洱境发现的史前文化和华北仰韶、龙山文化做了比较，发现苍洱境文化中的断线压纹陶与半月形石刀具有独特性，故将其取名为“苍洱文化”。曾昭燏等对室内文物进行整理和研究，在李庄等处举办了多次文物展览。
1941—1942年，中央研究院史语所，中央博物院筹备处和中国营造学社合组川康古迹考察团，去四川彭山县双江镇附近发掘汉崖墓，清理了77座崖墓和2座砖室墓，出土陶俑等文物数百件，发现的一件陶质佛座对研究佛教传入具有重要价值。彭山崖墓还为研究汉代建筑和艺术提供了许多珍贵资料。1942年，史语所、中央博物院筹备处和四川省博物馆合作，由吴金鼎主持发掘成都附近的五代前蜀王建墓，取得了较大收获。
1942年，史语所和中央博物院筹备处等合组西北史地考察团。敦煌组由向达负责，主要考察了敦煌千佛洞，针对少数人对敦煌壁画的破坏，提出了保护敦煌的措施。历史组由劳干负责，注重考察汉代遗迹，收集汉简。史前组由石璋如负责，开始在敦煌附近的额济纳河流域考察汉代长城和烽燧遗址，后转往关中地区，在陕西调查了邠、乾、长安、武功、鄠、扶风诸县，共获遗址66处。
1944年，史语所、中央博物院筹备处、中国地理研究所、北京大学文科研究所合组西北科学考察团，考古方面由向达、夏鼐、阎文儒负责。他们调查了兰州十里店、西果园一带的史前遗址，又自酒泉往金塔北海子探汉代烽燧遗址、瓜州故城；5月，在敦煌附近发掘魏晋和唐代墓葬；11月，考察汉玉门关、阳关和长城、烽燧遗址，发现一批汉代木简。1945年春，夏鼐在甘肃宁定县阳洼湾齐家墓葬发掘中，从墓葬的墟土中找到了仰韶文化的彩陶片，从地层证据证明齐家文化晚于仰韶文化，他写了《齐家墓葬的新发现及其年代的改正》一文纠正了安特生关于齐家期早于仰韶期的年代错误。
