抗战以前，全国高等学校多分布在东南沿江沿海及华北地区，当日寇大规模进攻时，极易遭到摧残。在此情况下，国民政府匆忙命令华北及沿海各高校内迁。抗战时期，主要有三次大规模的内迁活动。
第一次，1937年到1939年，华北及东南沿海各高校除了燕京、辅仁等教会学校保持中立未动外，其余都迁往西南、西北，或就近迁入山区。如北京大学、清华大学、南开大学先迁到湖南长沙，然后又迁往云南昆明，合组为西南联合大学；北洋大学、北平大学与北平师范大学迁到陕西，合组为西北联合大学；中央大学、复旦大学、武汉大学、东北大学、山东大学、东吴大学、金陵大学等31所高校迁到四川各地；中山大学迁到云南；浙江大学先迁浙西天目山，后迁江西、广西，最后迁到贵州遵义。
第二次，1940年下半年到1943年春，原迁入上海及原在平、沪的教会学校，因英美与日本关系恶化并爆发太平洋战争，被迫内迁。上海大学与沪江大学从上海租界迁往重庆；燕京大学从北平迁到成都；原迁滇南的中山大学迁往粤北坪石；迁到昆明的上海医学院、北平艺专、统计大学再迁到四川。
西南联合大学
第三次，1944年夏到1945年年初，日军发动豫湘桂战役，原迁豫西的河南大学迁到陕西；原迁广西、云南和贵州的一些高校如唐山土木工程学院、北平铁道管理学院、华侨工商学院等再次内迁到四川。
在三次高校内迁过程中，广大爱国师生在极端困难的条件下，颠沛流离，历尽千辛万苦，表现出了高昂的爱国热情和不畏艰难的精神，为保存祖国的文化与高等教育事业的发展做出了应有的贡献。
在高等学校内迁的同时，为了安顿和救济沦陷区中等学校的流亡师生，国民政府决定设立国立中学。1937年冬，教育部在河南淅川上集设立国立河南临时中学，1938年1月又在贵州铜仁设立国立贵州临时中学。2月，教育部公布《国立中学暂行规定》和《国立中学课程纲要》，规定国立中学一般分中学、师范、职业三部，专门安置战区公私立中学及师范学校男女学生及职业学校学生，课程分精神训练、体格训练、学科训练、生产劳动训练及特殊教学与战时后方服务训练五项。7月，教育部颁布《国立中学规程》，1939年4月，又决定取消国立中学以地名为校名的办法，改为以国校成立先后次序以数字为校名。共设立各种国立中学34所，其中国立中学23所，国立华侨中学3所，国立中山中学2所，国立女子中学2所，以及改办的中学4所。此外还创办了国立商业职业学校及国立师范学校14所。
（三）新县制下的国民教育制度
抗战时期，初等教育制度的主要改革是实施“政教合一”的国民教育制度。这个制度是与新县制合并产生的。1940年3月，教育部根据国民政府颁布的《县各级组织纲要规定》，制订并公布了《国民教育实施纲要》。规定：（1）国民教育分义务教育及失学民众教育两部分，应在保国民学校及乡中心学校内同时实施；（2）6～12岁学龄儿童除可能受六年制小学教育者外，应受2年或1年义务教育；（3）15～45岁失学民众，应分期接受初级或高级补习教育；（4）12～15岁失学儿童，视当地情形及其自身发育状况，施以相当的义务教育或失学民众补习教育。
这种国民教育下的学校，有三个显著特点：一是政治与教育合一；二是管教养卫合一；三是儿童教育与成人补习教育合一。《国民教育实施纲要》颁布后，教育部先指定在四川、云南、贵州、广西等14个省市实施，其余各省仍按原来的义务教育法执行；1941年，教育部又指定安徽、宁夏等5省实施国民教育制度。
