第一，强调近代以来世界宗教已由盛而衰，孔教乃教化之教而非宗教之教，因此，反对把孔学树为宗教，更反对定孔教为国教。关于世界宗教的发展趋势，陈独秀指出，由于宗教是反科学的迷信，“西洋教宗，且已由隆而之杀”[7]。他介绍了孔德关于人类进化三阶段的说法，即人类进化经历了宗教迷信时代、玄学幻想时代和科学实证时代。他认为：“欧美的文化，自十八世纪起，渐渐地从第二时代进化到第三时代，一切政治、道德、教育、文学，无一不包含着科学实证的精神……一切宗教的迷信，虚幻的理想，更是抛在九霄云外。”[8]处在第一阶段的宗教迷信现象当属落后无疑，岂能说惟生番野人无教，而把宗教作为人类文明的象征呢？
关于孔教非宗教，蔡元培指出：“孔子非宗教家，自广义的宗教言之（信仰心），必有形而上之人生观及世界观，而孔子无之；而所言者，皆伦理学、教育学、政治学之范围。孔子自言无可无不可，孟子评为圣之时者，其不立一定之信条可见。自狭义宗教言之，必有神秘思想，而孔子又无之，‘未知生焉知死’，‘未能事人焉能事鬼’，不语神怪……”[9]也就是说，从广义上孔子不搞信仰主义，从狭义上孔子无神秘思想，因此孔教非宗教。陈独秀也强调：“孔教绝无宗教之实质（宗教实质，重在灵魂之救济，出世之宗也。孔子不事鬼，不知死，文行忠信，皆入世之教，所谓性与天道，乃哲学，非宗教）与仪式，是教化之教，非宗教之教。”[10]
陈独秀等人不赞成定孔教为国教，不赞成把孔教写入宪法。在《宪法与孔教》一文中，陈独秀指出，以四万万人共有之宪法规定独尊独祀孔氏，阻碍思想信仰之自由，实在武断专横。李大钊在《宪法与思想自由》、《孔子与宪法》等文中也指出，孔子是帝王专制之护符，宪法是国民自由之证券，两者渺不相涉，有人强使宪法与孔子发生关系，欲以宪法之权威为孔教壮声势，是极荒唐、荒诞的。他们均反对独树孔教，独尊祀孔氏。
第二，强调孔教不适合共和时代，不能适应现代生活。陈独秀在《孔子之道与现代生活》一文中明确指出，孔子生活在封建时代，所提倡之道德为封建时代之道德，所垂示之礼教为封建时代之礼教，所主张的政治为封建时代之政治，这种封建时代之道德、礼教、政治是为少数君主贵族服务的，与多数国民之幸福无关，因此，不适合民主共和时代。李大钊表示，他不否认孔子于其生存时代确足为圣哲，但于今日之社会则已为残骸枯骨，“其学说之精神，已不适于今日之时代精神！”[11]他们肯定孔子及其学说在宗法社会有其存在的合理性，但又强调了这种宗法社会之道德在总体上已不适应现代生活，不适应现代中国社会，从而断然否定了在现代中国建立孔教的可能。
第三，强调孔教与帝制、尊孔与复辟有必然联系，揭露了孔教为君主专制制度服务的反动实质。陈独秀指出：孔教“别尊卑、重阶级、事天尊君”，因此，“孔教与帝制，有不可离散之因缘”[12]。孔教借君主之力行其道，而君主假孔教之力固其位，孔教与君主相得而益彰。反动势力提倡尊孔正是为了复辟帝制，“中国政治反动一次，孔圣人便走运一次”[13]。
李大钊指出，历代专制帝王把孔丘作为偶像，“尊之祀之，奉为先师，崇为至圣”，因而孔丘之名“遂非复个人之名称，而为保君主政治之偶像”，并成为“历代帝王专制之护符”[14]。由此，他认识到帝制复辟需要孔子这尊偶像，而打倒孔家店正是要批判“君主专制之亡灵”。
