这一时期，伤寒论的研究远远突破了对张仲景原文的校订、训诂及对个别疑难条文的阐释，而进入到基本理论问题的开创性拓展阶段，由此而取得的一系列突破，充分显示出现代中医学的进步。
对伤寒病名的含义，各家对照中西学说，提出了许多深刻的见解；对西医感染性疾病的理论核心——细菌学说，一半以上的论著都给予了详细的阐述；另外，在伤寒转变、六经含义、六经提纲及一些重要条文的解释上，也均取得了较大的突破。[14]
在西方医学东传方面，以丁福保最为引入注目。他一生致力于翻译医书、出版杂志、组织医会、创办医院、疗养院，著述丰硕，被誉为是一代学术名家。
1900年，丁福保编印了第一本通俗的西医常识书《卫生学问答》。1914年，他将由日文译成的68种医学著作编成《丁氏医学丛书》，第一次比较全面地向国人介绍了现代西方医学知识，一举获得柏林及罗马的万国博览会最优等奖。
自民国初年至20世纪30年代早期，丁福保的一项主要工作是编辑《中西医学报》，历时20年，迅速而又大量地把现代医学知识介绍给国人，适应了当时中国医学界渴望新学的需要，对促进中医界了解西医做出了重大贡献。据统计，他这一段时间的译作超过了自1851年合信起的所有教会译著的西医著作之总和，此后很长时间，也没有人在介绍和普及西方医学方面能与他相提并论。在传播西医的同时，丁福保还极力主张中医科学化。“中医科学化”这一口号最早便是出自于他。因此，在民国医学史上，丁福保的地位不容忽视。
此外，在整理中医文献方面，丁福保、何廉臣、裘吉生、曹炳章等人也有贡献。他们整理出版医学书籍数千种，其中代表性的成果有《中国医学大辞典》、《中国药学大辞典》、《四部总录·医药编》等；在开办中医教育培养中医人才方面，此期共创办了中医学校百余所，其中成就较大者约30余所，中医因而后继有人。同时，中医报刊也出版不少，约500种，较重要的约100种，中医组织团体则达1000多个。
总的看来，这一时期，我国的现代西医、中医学均有了长足的进步。虽然在发展历程中，二者一度出现了对立与抗争，但最终的趋势则是中西汇通，一部民国医学史便证明了这一点。在现代中医发展历程中，最早提出并且贯彻始终的一个口号便是“中西医汇通”。中西医既有矛盾的一面，也有相融、互补的一面，只有走汇通之路，才能使得彼此都得到健康的成长。
二、天文学与气象学
民国之初，我国的天文与气象事业尚未分家，天文观测及研究很大程度上附属于气象工作。
民国政府迁都北京后，教育部派员接管了清政府的钦天监，建立了“中央观象台”，并成立了历数科，由高鲁主持。
1915年，中央观象台以中国天文学会的名义出版了《观象丛报》，月出一册，每册的前半部分以天文为主，也包含气象资料，后半部分则都是气象记录，其中大多是依据国外气象资料加以编译而成。虽然如此，在当时仍在一定程度上起到了普及天文知识的作用，并且和国外出版物的交换，也打开了一条中国天文气象事业与国际交流的渠道。
民主、科学思潮的传播，使国人对天文，气象事业逐渐重视起来，天文气象事业因此不断得到发展。1922年10月，中国天文学会在北京成立，两年后出版了《中国天文学会会报》。1924年10月，中国气象学会也在青岛宣告成立，张謇、高鲁担任名誉会长，蒋丙然、竺可桢分别担任会长及理事。天文与气象这才实现了初步分工。
1928年2月，国立中央研究院分别建立了天文研究所与气象研究所，自此，二者正式“分家”，各自走上了规范化的发展道路，研究和建设的成果也不断问世。
