与西医相比，民国时期中医的发展道路要坎坷些。由于在诊断及治疗的方式上，两者之间存在着较大的差别，因此，彼此间的矛盾日益暴露，废止中医的呼声不断高涨，中医的处境也日益困难。废止中医之论始于清末，不过仅出自民间，而民国后废中医论者渐多，遂成为一股极大的势力。这一时期的北洋政府，南京政府，对于废中医之论也基本上持赞成态度，以压制中医。如民国元年新定学制，便将中医摒于教育门外。1929年中央卫生委员会又通过了余云岫的废止中医案。为争取合法地位，摆脱窘困的处境，中医界进行了长期的斗争。民国元年新定学制颁行后，中医界随之便举行了“救亡”请愿，1914年11月，神州医药总会叶晋叔等代表19省市中医“救亡”请愿团向北洋政府教育部，国务院请愿，要求中医加入学系，此后大的请愿活动共有9次之多，如1929年3月17日全国医药团体代表大会反对废止中医案，1929年12月全国医药团体临时代表大会反对歧视中医等。另一方面，自20世纪20年代起，中医界为求得生存，还积极提出“中医科学化”口号，并发展成为一种运动。在此斗争历程中，传统的中医学也不断得到发展，取得了可喜的成绩。
在中医基本理论的研究方面，恽铁樵一马当先。1922年，他撰写《群经见智录》，对《易经》、《内经》的基本理论提出创见，成为我国近现代研究中医理论的集大成者。该书站在现代科学的高度上，科学地解释了《内经》体系，指出《易经》与《内经》的基础在四时，二者的主要理论都是从研究自然界最明显，最常见的变化规律而来，这样就揭开了《易经》、《内经》的神秘外衣。五行、六气皆为四时而设是恽氏的又一创论。基于这一思想，恽铁樵第一次强调指出五行相生的顺序与四时递变相同，所谓“内经五脏即四时的五脏”，一句话揭示了中医基本理论、特别是脏象理论的奥秘，说明了中医基本理论的科学性，在客观上也捍卫了传统中医体系的完整性。
杨则民的《内经之哲学的检讨》，是对《内经》研究的另一力作，也是现代中医界最早自觉运用辩证唯物主义思想系统地研究《内经》的专论。作者以维护中医体系为己任，在剖析了当时研究《内经》的几种倾向后，旗帜鲜明地提出《内经》的指导思想即是辩证法。接着，作者详细阐释了《内经》的基本内容，第一次从哲学高度强调中西医体系不同，并提出独到的改进中医的见解，为《内经》研究的拓展做出了空前的贡献。
此外，张锡钝的《衷中参西录》也是此期中医学研究的硕果。他在前人基础上，发展了脏象学说和解剖生理互证，重点研讨了肝左脾右说，脑为元神心为识神说，难经言心脏七孔三毛与近代解剖的关系，并且进一步提出了三焦即输尿管，心力衰竭与肾不纳气相通，脑充血与薄厥相近，难经论肺为五脏六腑之所终始相当于生理学上的小循环等汇通学说，从而推动了中医理论的发展。
张锡钝有“实验派临床大师”的美誉，他的《衷中参西录》也是中医临床方面的杰作。
该书在现代中医书中流传最广，至今仍经得起检验。张锡钝自觉地接受现代实验科学方法，在一切可能的条件下通过切身体会来求知，他的这种一丝不苟、细致观察和描述病情、体验药效的研究方法，开辟了一代新的学风。后人在评价他时，指出他的最大成功处即在于：建立完整的病历，及时总结经验，把感性认识逐步提高到理性认识。
在伤寒论研究方面，代表性的作品有曹颖甫的《伤寒发微》、陆渊雷的《伤寒论今释》、包识生的《包氏医宗》、谭次仲的《伤寒评志》、黄竹斋的《伤寒论集注》、陈伯坛的《读过伤寒论》、余无言的《伤寒论新义》、阎德润的《伤寒论评释》等。由伤寒论的研究我们便可明显地看出民国时期医学的进展。
