由于北方生物学迅猛发展的影响，南方生物学研究也逐渐开展起来。1929年，国立中山大学农村植物研究所成立，陈焕镛主持其事，研究人员专门搜集两广、湖南的植物，其中，以对海南岛的采集规模最大、收获最丰，所得标本不下10万号，成为当时国内最大的研究基地之一。
1930年，享有盛名的中央研究院植物研究所与北平研究院植物研究所先后成立，分别由秦仁昌、刘慎锷负责。前者1934年后在罗宗洛主持下，扩充内容，相继设立分类学，生理学、藻类学、真菌学、形态学等研究室，使得研究范围逐渐向纵深扩展。后者则主要从事对我国西北部与北部植物的研究。
此外，比较有名的研究机构还有中央研究院自然历史博物馆与西部科学院，前者主要进行分类学、寄生者及海洋生物调查研究，后者则由中国科学社于1930年在重庆北碚创建，是我国西部最早设立的一个生物研究机构。
随着各方面专项研究的进展和研究队伍的壮大，1933年，中国植物学会在重庆北碚召开了成立大会，其专刊《中国植物学会杂志》每年出版1卷，每卷4期，同时还发行不定期的英文刊物，向国外植物学界介绍我国的研究成果，以增进交流，扩大影响。两年后，中国动物学会也于北平宣告成立，至抗战前夕，会员已达100余名。
抗战爆发后，各大机构纷纷西迁，研究工作受到了一定阻碍，但随着一些新机构如“西北植物调查所”、“云南农林植物研究所”等的设立，生物学继续保持了较好的发展势头。至1948年，中央研究院的81名院士中，生物一组就占了25名之多，几乎达到了三分之一。他们之中大多数都是中国现代生物学各相关学科的创始人，在各自的领域里均做出了突出的贡献。
下面，分类对各领域的主要成绩作一概述。
1．植物分类学 在我国现代植物学中，植物分类学的研究起步最早，而这在很大程度上要归功于我国著名植物分类学家、植物分类学的奠基者陈焕镛教授。我国植物分类学的发展，是与他的名字分不开的。
陈焕镛（1890—1971），广东新会县人，自小随父亲在美国长大并受西式现代教育，1919年获哈佛大学科学硕士学位，1920年学成归国，先后在金陵大学、东南大学、中山大学任教。1927年，他出任中山大学植物学系主任，在此期间，他多次率队赴香港、广州北江、鼎湖山等地采集标本，短短的一年时间之内，便搜集到珍奇标本2000余号，为日后的研究准备了充分的材料。1928年，他亲手创建了中山大学农林植物研究室，并陆续创建了植物标本室、图书室、植物标本园及实验队，使之迅速成为南方植物学的一个重要基地。
为了更进一步展开研究，从1928年7月至1934年2月，陈焕镛率领中山大学农林植物研究所采集队，在广东全省范围内展开了规模宏大的采集工作，采集次数达90多次，历时2113天，足迹遍及全省五分之三的地区，所得标本28967号之多，不论在科、属、种数上均超过香港植物园50年所采集的标本数。[10]截至1938年，该所储存的珍贵植物标本已达15万余号，跃居全国同行领先地位，也为赶超世界权威机构奠定了基础。
在丰富的标本基础上，1930年，陈焕镛主持的农林植物研究所编辑出版了植物分类专刊Sunyatsenia中山大学农林植物研究专刊，成为我国首次发行的英文版植物学学报，在国内外植物学界产生了深远影响。
1929—1937年，他与胡先骕合作，出版了5卷本的《中国植物图谱》，成为研究植物分类学的重要参考书。
