魏晋南北朝时期，南北长期分裂，政权更替频繁，战乱不息，再加上不时发生的水旱灾害，造成疠疫空前流行。正是在这种情况下，许多以救死扶伤为己任的名医，孜孜不倦地收集整理医学文献和民间治病用药的宝贵经验，同时又有所创新，从而推动了医药学的长足进步。这一时期，不但名医辈出，而且由于统治者的重视，医事制度也较秦汉时期更加完备。
一、外科鼻祖华佗
华佗，一名旉，字元化，沛国谯（今安徽省亳县）人，史书中没有记载其生卒年代，只说他“年且百岁而犹有壮容，时人以为仙”[29]。华佗大约生活在汉冲帝永嘉元年（145年）到汉献帝建安十三年（208年）间，曾游学徐州，通晓各种经书，喜爱医术和养生之学。他一生致力于医疗实践，对内、外、妇、儿等各科均有很高的造诣，在疾病的诊断、治疗和体育保健等方面都有卓越的成就。尤其值得称道的是，他是世界上第一个应用全身麻醉进行腹腔手术的医生，堪称外科鼻祖。华佗一生曾为许多人施行过手术。《三国志·魏志·方技传》载，华佗行医，“当须刳割者，便饮其麻沸散……因破取。病若在肠中，便断肠湔洗，缝腹膏摩，四五日差，不痛，人亦不自寤，一月之间，即平复矣”。为了减轻和消除病人的剧烈疼痛，使手术能够顺利进行和取得良好的效果，华佗在总结前人经验的基础上，并结合对酒醉现象的观察，发明了麻醉术。《后汉书·华佗传》记载华佗“乃令（病人）先以酒服麻沸散，即醉无所觉”。可见其麻醉效果还是不错的。麻醉术的发明使原本难以进行的大型外科手术成为可能，从而扩大了外科手术治疗的范围，为人类战胜疾病和痛苦提供了新的手段，对世界医药的发展有着重大的贡献。麻沸散的药方虽早已失传，但这种思想却深深影响了后代医家。宋人窦材的《扁鹊心书》中记有睡圣散可做麻醉之用，元代危亦林用草乌散解决骨伤科复位时的疼痛问题，这种方法无疑要比西方早期所用的机械性压迫、单纯饮酒、放血的方法进步得多。
华佗对疾病的诊断方法亦有可贵的贡献，他擅长察言望色，并通过对病人的面目、形色、病状进行观察来判断疾病的轻重和能否治疗。正确的诊断对于救治病人具有重要意义，华佗善于透过现象，抓住本质，根据不同情况，辨证施治，对症下药，因而他能在治疗中取得令人满意的效果。
华佗还是医疗体育的创始者。他对弟子吴普说：“人体欲得劳动，但不当使极尔。动摇则谷气得消，血脉流通，病不得生，譬犹户枢不朽是也。”[30]为此，他发明了模仿虎、鹿、熊、猿、鸟五种禽兽动作姿态的保健体操“五禽戏”。当“体中不快，起作一禽之戏，沾濡汗出，因上著粉，身体轻便，腹中欲食”[31]。吴普遵照华佗的教诲，每天坚持锻炼，“年九十余，耳目聪明，齿牙完坚”[32]。
华佗因医术成名，也因医术而招祸。曹操患头风病，屡治不愈，听说华佗医术高超，便差人请他为自己治病。华佗只扎一针便不疼了，曹操便要强留他做侍医，但华佗不慕名利，不肯只为一人治病，因而托词归家，延期不返。曹操大怒，便将华佗杀害了。华佗生前著有医书，临死前他把书交给狱吏，告之曰：“此可以活人。”狱吏畏法不受，只好将它付之一炬。华佗的医书没能流传下来，实为祖国医学的一大损失。
二、王叔和与皇甫谧
