谱牒真正成为一门学科，却是在魏晋南北朝时期得以确立和定型的。当时谱学盛行与门阀制度确立息息相关，所谓“官之选举，必由于簿状；家之婚姻，必由于谱系”[25]。时精于谱学者，史不绝书，尤以贾氏、王氏为著。贾氏一门，世传谱学。东晋太元中（376—384年），员外散骑侍郎贾弼之“笃好簿状，乃广集众家，大搜群族，所撰18州116郡，合712卷。凡诸大品，略无遗缺，藏在秘阁，副在左户”[26]。弼之以其业传子匪之，匪之传子希镜，“希镜三世传学，凡十八州士族谱，合百帙七百余卷，该究精悉，皆如贯珠，当时莫比”[27]。希镜又传子执，执传其孙冠。自弼之至冠，贾氏数代皆有著述，弼氏撰《姓氏谱状》712篇，希镜撰《姓氏要状》15篇，执撰《姓氏英贤》100篇，又著《百家谱》，冠作《梁国亲皇太子序亲簿》4篇。贾氏谱学，特受时人器重，如刘宋太保王弘、领军将军刘湛并好其书，“弘日对千客，不犯一人之讳；湛为选曹，始撰百家以助铨序”[28]。王氏谱学，源于贾氏。梁武帝留意谱籍，乃诏令王僧孺改定《百家谱》，其东南诸族别为一部，不在百家谱之数，凡集《十八州谱》710卷，《百家谱集抄》15卷，《东南谱集抄》10卷。《隋书·经籍志》著录该时期的谱牒种类繁多，数量惊人，详见本章第一节。唐末五代以后，随着门阀制度的衰落，谱学也日益衰微，但作为一门学科，谱学却一直在史学园地中占有自己的一席之地。
三、史注新法的开创和史评、史抄的兴起
史注是一个重要的史书类型，虽然它不是独创性的历史著作，但因对已有的史书进行加工和研究，仍具有重要的史学价值。史注工作向为史家所重，两汉以来，为史书作注者不乏其人，如马融、郑玄注《尚书》，贾逵、服虔、杜预注《左传》，高诱注《战国策》，徐广注《史记》，应劭、荀悦、韦昭等注《汉书》。但这些史注都不外注音、释义，或对名物、地理及典故的解释，内容比较简单。
裴松之注《三国志》，大胆突破史注陈规，开创了史注新法。《三国志注》的内容十分丰富，不但有字音、文义、校勘、名物、地理、典故等方面的注文，而且补充了大量的史料用于“补缺”或“备异”；对于陈书中的明显错误，则引举史实予以认真的考辨，并对史事和人物予以广泛的评论。从而将注音释义、补缺略、备异闻、纠谬误、论得失有机地结合起来，达到完美的程度，实为前所未有的开创之作。裴《注》所引典籍达151种，字数约为原书的3倍，从而大大丰富了《三国志》的内容。
裴松之注史之法是过去最好的方法，颇受后世史家推崇。《四库全书总目提要》称：“昔陈寿作《三国志》，裴松之注之，详引诸书错互之文，折衷以归一是，其例最善。”李慈铭《越缦堂日记》说：“裴松之《注》博采异闻，而多所折衷，在诸史注中为最善，注家亦绝少此体。”钱大昕也称赞说，裴松之“博引载籍，增广异闻，是是非非，使天下后世读者昭然共见乎”[29]！
史注以繁富见称，且多有创新者，还有郦道元《水经注》和梁代刘孝标《世说新语注》。郦注与裴注相比，由于所注史书体裁不同，而各有千秋。裴注范围较广，体制较为完备；郦注所引典籍之众，内容之丰富，却在裴注之上。郦道元广集资料，旁征博引，叙事周详，名其书曰注，实为创作，同样是对史注的重大创新。刘宋临川王刘义庆所撰《世说新语》，既是一部笔记体小说集，又是一部具有较高史料价值的杂史体史书。全书分德行、言语、政事、文学等三十六门，凡十卷，记载自汉末三国至东晋年间士大夫阶层的轶事逸闻，内容涉及政治、思想、宗教、文学、语言及社会生活各个方面。其叙事写人往往摘取片断，甚至只言片语，但刻画人物栩栩如生，语言精练，词意隽永。刘孝标为之作注，征引广博，所用之书多达400余种，补充了大量的史料，大大丰富了原书的内容；许多散佚的旧籍，也赖其注得以保存不少资料。此外，刘注在校勘、解释名物、地理、典故等方面也有不少注文。因此，刘注对传统史注的突破是显而易见的，其学术价值亦不可低估。
史评、史抄这两种不同类型的史书在汉代尚不发达，数量也少。魏晋以后，随着史学的发展繁荣和史书数量的增加而空前兴旺起来。这一时期的史评，除了纪传体史书中的序、论、赞外，一批专门的史评著作相继问世。其类型又分两种：一是评论史事或人物，如诸葛亮《论前汉事》，晋傅畅《晋诸公赞》，宋范晔《汉书赞》、《后汉书赞》，魏曹植《列女传颂》等。二是评论史书，如晋何常侍《论三国志》、徐众《三国志评》、王涛《三国志序评》及梁刘勰《文心雕龙》中的《史传篇》等。《隋书·经籍志》著录该时期的史评共达60卷以上。史抄主要是节录卷帙浩繁的正史、地理和谱牒之书，数量也不少，如葛洪《汉书钞》，张缅《晋书钞》，陆澄、任昉、刘黄门分别撰述的《地理书钞》及无名氏《扬州谱钞》等，总卷数在100以上。
四、地理方志的拓宽与丰富
与前代相比，这一时期的地理方志类史书也有新的突破，不仅范围大为拓宽，内容日臻丰富，而且门类众多，体制多样。以门类而言，有记全国地理的，如《太康土地记》；有记区域地理的，如晋贺循《会稽记》、蜀谯周《三巴记》；有记都邑地理的，如晋陆机《洛阳记》、宋刘损《京口记》；有专记一地山川或风俗、物产的，如齐宗测《衡山记》、晋周处《风土记》、吴万震《南州异物志》等；还有专记宫室、庙宇、墓冢的，如《三辅黄图》、《洛阳伽蓝记》、《圣贤冢墓记》等；亦有记外国情况的，如释法显《佛国记》、释法盛《历国记》，等等。以体制而言，有志、注、图、记、簿、传，还有故事、旧事、图赞、书抄等。由于这一时期地理方志书数量很多，而每种书的卷数甚少，不便保存和留传，于是有人将之整理编撰为大型地理著作，如南齐陆澄合《山海经》以来160家，按地区编为《地理书》149卷、目录1卷。梁代任昉又在陆澄《地理书》的基础上增加84家，编成《地记》252卷。可惜这些书大都亡佚，直到清代，才有人作些辑佚的工作，如王谟的《汉唐地理书钞》等，使人略知其梗概。郦道元《水经注》、杨衒之《洛阳伽蓝记》和常璩《华阳国志》是该时期地理方志的杰出代表作，反映出这类史书的水平和成就。
