在史学体制上，这一时期也有许多重大的创新和突破。有的史家在继承前代优秀传统之余，不囿于陈规，敢于推陈出新。他们创立了一批新的史书体例，如实录、类书、帝王起居注、谱牒家传、地理方志、史注、史评、史抄等，无一不体现当时史学的巨大进步。
一、纪传体史书体制的重大突破
纪传体是以帝纪为纲、以纪传为中心的一种史学体裁。自司马迁著《史记》，首创纪传体后，历代史家莫不奉为圭臬。然而，随着时代的发展和史学的进步，这一体裁也在不断发生变化，无论从形式到内容，都日趋丰富和完善。班固著《汉书》，改纪传体通史为纪传体断代史，将《史记》中的“书”改为“志”，去“世家”而并入“列传”。《汉书》开纪传体断代史之先河，以后各代所修正史都采取纪传断代的形式，基本体例不外纪、传、志三大部分。
魏晋南北朝时期所修纪传体史书，基本体例虽因袭前代，但却有不少重大突破，不仅开创了新体例，而且创立了一系列新纪、传和新志目，《三国志》《后汉书》《魏书》是其中最突出的代表作。
《三国志》的新体例：
陈寿为适应三国鼎立的时代特点，将三国合为一书，开创了纪传体史书的新体例，不失为一项创举。陈寿前后，有关三国史的著述甚多，如鱼豢的《魏略》、王沈的《魏书》、孔衍的《魏尚书》、孙盛的《魏氏春秋》、韦昭的《吴书》、杨戏的《季汉辅臣赞》等，这些书或仅限于一个地区，或把叙述大统一王朝的史书体裁生搬硬套过来，只承认魏国为正统，而斥吴、蜀为“僭伪”，根本不能如实地反映当时历史的本来面目。陈寿则不然，他从历史的全局着眼，而把魏、蜀、吴三国视为各自独立的国家，分别写成三部书，合称《三国志》。由于晋承魏禅，陈寿又为晋臣，巨大的政治压力迫使他不得不以魏为正统，而采取以魏国诸帝为纪，以吴蜀两国君主为传的写法。然而，他并不视吴、蜀为“僭伪”。清代学者钱大昕说：“夫晋之祖宗所北面而事者，魏也。蜀之灭，晋实为之。吴蜀既亡，群然一词，指为伪朝。乃承祚不惟不伪之，且引魏以匹二国，其秉笔之公，视南董何所让焉。”[21]惟其如此，故为吴蜀君主作传，亦皆编年记事，按史家的惯例，这样的“传”等同于“纪”，名异而实同。且陈寿之尊蜀不亚于尊魏，书中称蜀二君，曰先主、后主而不名；蜀之甘皇后、穆皇后、张皇后，皆称后。陈寿之良苦用心，由此可见一斑。清人朱彝尊指出：“（陈）寿独齐魏于吴蜀，正其名曰三国，以明魏不得为正统。”
《后汉书》中的新纪、传：
