南朝时期，谱牒大兴，借以避免士庶混淆。门选进一步僵化，“凡厥衣冠，莫非二品，自此以还，遂成卑庶”[75]，名门子弟垄断二品以上的系资，卑庶只能居二品以下。中正官员品第人物遂成例行公事。梁武帝曾命人改定《百家谱》，凡18册710卷，又作《百家谱集抄》15卷、《东南谱集抄》10卷，由是谱牒成为确定官位高低的依据之一。
和南朝一样，北朝在实行中正制度时，也非常重视门第。北魏孝文帝曾说：“清浊同流，混齐一等，君子小人名品无别，此殊为不可。”[76]当时不仅品选人才看门第，就是各郡所立的乡学，学生入学的资格也要先从高门子弟选起，次及中等。正如赵翼《陔余丛考·六朝重氏族》所说：“当时风尚，右豪宗而贱寒畯，南北皆然，牢不可破。”
九品中正制发展到南北朝后期，弊病日益明显。北魏宣武帝就曾指出，这种选举办法出不了优秀人才。他在正始二年（505年）下诏曰：“中正所铨，但存门第，吏部彝伦，仍不才举。遂使英德罕升，司务多滞。……必令才学并申，资望兼致。”[77]后来，宣武帝索性下令取消州郡中正，任官改由五人保举。魏孝明帝时，吏部尚书崔亮改行“停年格”法，论资排辈取士。不论贤愚，轮流做官，以停职年限多寡依序而行。到后来发展成选士只看年资，不问其他。九品中正制在北朝已走向穷途末路。南朝的情况比此更甚。由于士人的地位优于北方，选举制度极为败坏，已到了非改革不可的地步。梁武帝用州重、郡崇、乡豪代替大小中正，并以“唯才是务”部分取代了门选，说明九品中正制基本已被革除。陈霸先一度恢复此制，只不过是拉拢士族、为篡国而行的权宜之策。
二、察举、征辟和朝廷策试下的选士
魏晋南北朝时期的选士制度，虽然以九品中正为主，但察举、征辟制仍在继续推行，一直到科举制产生才有所变化。
三国时期的蜀国、吴国，一直因袭汉代选士制度，即乡举里选的察举和由上至下的征辟。魏国在曹丕宣布实行九品中正制的同时，也部分保留了察举制。黄初二年（221年）文帝“初令郡国口满十万者，岁察孝廉一人，其有秀异，无拘户口”。次年（222年），他又“令郡国所选，勿拘老幼；儒通经术，吏达文法，到皆试用，有司纠故不以实者”[78]。魏明帝曾下令各郡国以经学贡士。曹魏举孝廉，不同汉朝只偏重德行，而是要求德才并重。据《晋书·魏舒传》记载，曹魏时期已出现了用考试形式录取官吏的办法。这是隋唐开科取士的先声。曹魏的察举注意的是孝廉、秀才两科。而贤良科，只在魏明帝时期进行过两次，不过例行公事而已。
两晋时，对地方郡县所察举的孝廉、秀才一律进行策试，策试分为两种，“孝廉”试经；“秀才”试策。所谓“策”，是指人事政治方面的一些实际问题。晋武帝时期，试策曾盛行一时。两晋策试，有时由皇帝主持，有时由尚书郎负责。东晋元帝时，对孝廉、秀才的考试比较严格。《晋书·孔坦传》载：“先是，以兵乱之后，务存慰悦，远方秀孝到，不策试，普皆除署。至是，帝申明旧制，皆令试经，有不中科，刺史、太守免官。太兴三年，秀孝多不敢行，其有到者，并托疾。”这种情况反映当时地方上所举孝廉、秀才，大多以门第为标准，而真才实学者十分稀少。因此有人建议，允许各地举荐的孝、秀，进入学校修业一个时期后，再行考试。结果有的孝廉居然需用5至7年的补习方能通过考试。
南朝前期沿用魏晋的考试科目，选录孝廉及秀才。史载“宋制，州举秀才，郡举孝廉，皆策试”[79]。由于滥竽充数者众，宋孝武元年（454年）对四方察举孝廉、秀才，作出“非才勿举”的规定，而对不堪任用者，要“遣还田里，加以禁锢”[80]。宋明帝泰始三年（467年），尚书都令史骆宰提出了策试秀才评定成绩的标准，以五问策对。凡五问全答对者，为上等；三、四题者，为中等；二题者，为下等；一问皆答不出者，落第。骆宰的建议是否实行，史无详载。然而这毕竟是开策试评分论级的一个先例。
南朝后期，朝廷在策试中又增设了高第、明经诸科。天监年间，梁武帝下诏称：“其能通一经，始末无倦者，策实之后，选可量加叙录。虽复牛监羊肆，寒品后门，并随才试吏，勿有遗隔。”[81]这是为纠正当时贵游子弟“顾人答策”[82]的现象，而企图通过策试在下层社会录用人才而采取的措施。
魏晋南北朝时期，各朝在察举孝廉的过程中都逐渐转向考试。虽然那时的考试还不规范，尚存在着沈约批判的“秀才对五问可称，孝廉答一策能过，此乃雕虫小道，非关理功得失，以此求才，徒虚语耳”[84]的问题。但这毕竟是通过考试，向罢去门资选士迈出的可喜一步。这是当时庶族地主势力不断上升的表现。在这动**的年代，选士制度不可能实现全面改革，但其间的经验却为隋唐的开科选士打开了通道。
