首先是文化载体的巨大损失。战争、动乱不但大量地破坏物质财富，也使千百年凝聚起来的精神文明成果毁于一旦。魏晋南北朝时期许多名都大邑反复遭到摧残，特别是一些处于文化中心的都城地区被毁尤甚，如长安、洛阳和建康等城市。据《隋书·经籍志》记载，东汉时都城洛阳国家藏书数目很大，“《石室》、《兰台》，弥以充积”，然而“董卓之乱，献帝西迁，图书缣帛，军人皆取为帷囊。所收而西，犹七十余载。两京大乱，扫地皆尽”。曹魏、西晋两朝惨淡经营，采掇遗亡，汇集新作，国家藏书又达29945卷。晋末大难，“京华**覆，《渠阁》文籍，靡有孑遗”。东晋南朝时期，经过历代学者的努力，国家藏书规模空前，仅梁末元帝迁都，由建康带到江陵的图书就有七万余卷。但“周师入郢，咸自焚之”，宝贵的文明成果再遇浩劫。十六国北朝时期，北方地区的图籍长期严重残缺。待魏孝文帝提倡文治，“借书于（南）齐，秘府之中，稍以充实”。以后又遇变乱，元气大伤，周灭北齐时，两国藏书加在一起不过15000卷。作为文化创作和传播更重要载体的知识分子，在魏晋南北朝时期命运也特别乖舛。许多士人被战火、饥馑、疾疫夺去生命，还有的成为统治阶级内乱的牺牲品，或惨死在异族统治者的屠刀之下。侥幸保存性命者，也饱尝流徙逃亡和铁蹄践踏之苦。
