自葛洪开始的对原始道教的改造，到东晋大批统治阶级人士涌入道教队伍，在这一向官方道教转化的过程中，原始道教发生了明显的分化，一部分继续在民间活动的道团组织或道教派别力图保持原有的教义、组织形式和活动方式，这样，就在道教内部引发了一场改造与反改造的斗争。
王莽篡汉，建立新朝时，曾有术士造作“刘氏复兴，李氏为辅”的谶言，作为刘秀光复汉室的符命。西晋末年以来的民间道教组织，将这一谶言加以改造，使之与老子历代降世为帝王之师、救国救民的神话相联系，以反对道教向统治阶级上层的靠拢，东晋初年，道士李脱及其弟子李弘即以此谶言散布民间，并通过符水禁咒为人治病而吸引了一大批信徒，建立起道团组织。李脱及李弘的这种做法显然与当初张角组织太平道的做法如出一辙。因此，也就必然要遭到统治阶级的镇压。但在东晋时期，以李脱、李弘之名而在民间活动的事例仍不断发生，甚至发动起义。而东晋隆安年间爆发的孙恩卢循起义，则更是反映了道教内部改革与反改革斗争之激烈。
孙恩，字灵秀，琅邪（今山东临沂）人。孙恩家族世代信奉五斗米道，其叔父曾师事钱塘杜子恭。杜子恭曾假托张鲁授命而建立道团，以符水治病济世的方术招揽信徒。在杜子恭道团中，设有祭酒统民制度、道民交纳五斗米的义务等。也就是说，较多地保留了早期五斗米道的特点。杜子恭死后，孙泰继任为掌教者，他一面在下层民众中布道，继续扩大队伍；一面也向上层社会发展势力，鄱阳太守桓放之、骠骑将军周勰等相继成为其信徒，晋安帝隆安二年（398年），王恭、桓玄等发动叛乱，进攻宗室会稽王世子司马元显。孙泰因与元显交密，也卷入了这场东晋统治集团的内讧，结果被杀。孙恩遂利用道教起兵为其叔父复仇，爆发一场历时13年的大规模起义。
孙恩自称征东将军，号其党曰长生人，宣称“诛杀异己”，旬日间便众达数十万。起义军攻城略地，镇压东晋官吏，影响波及整个东晋统治地区。孙恩死后，其妹夫卢循继续率众战斗，直到公元411年才最后失败。孙恩、卢循起义是继汉末黄巾起义之后又一次利用民间道教组织发动的大规模平民起义，沉重地打击了东晋腐朽的门阀统治，导致了东晋王朝的覆灭。
值得注意的是，孙恩、卢循起义对道教发展产生了十分重要的影响。起义军提出“诛杀异己”的口号，这个“异己”并非指不信道者，而是指那些上层社会中的道教信徒。起义军曾杀掉了不少信奉五斗米道的官僚士族，如师事张氏五斗米道的王凝之一家，黄门郎谢冲、吴兴太守谢邈一门，中书郎孔道、太子洗马孔福等。由此恰好反映了民间道教与官方道教之间的激烈斗争，反映了道教发展过程中改造与反改造的激烈斗争。与此同时，参加起义的下层道民或战死阵前，或被迫自杀，其数以十万计，一些起义者甚至整个家族同归于尽。五斗米道受此重创，再也无力重新崛起，客观上使南朝的道教改革减少了反对力量。在起义过程中，也暴露了民间道教的落后性，如野蛮抢掠，尚武嗜杀，狂热迷信等，孙恩失败时，与部下数百人投水自尽，谓之先登仙堂，宗教的愚昧落后在民间道教中表现得尤为突出。这种状况使得一些道教信徒更加认识到改革民间道教的重要性和迫切性，加快了道教改革的步伐。
孙恩、卢循起义，沉重地打击了封建统治阶级，在中国历史上留下了辉煌的一页。作为一场反对官方道教的斗争，则标志着民间道教的失利，标志着反改造派的失利，为南朝的道教改革准备了条件，在中国道教史上留下了深远的影响。
五、陆修静、陶弘景与南朝道教改革
在南朝的道教改革中，影响最大的便是陆修静和陶弘景，经过他们的努力，道教从形式到内容都变得更加充实，并以崭新的面目出现在人们面前。
