北齐时，又爆发了一场佛道之争。东魏武定六年（548年），把持东魏实权的鲜卑军阀高澄准备废魏禅代，首先宣布道教不再为官方宗教，罢除了自拓跋焘以来一直存在的天师道坛，以为禅替作思想意识上的准备。天保之年（555年）八月，北齐文宣帝高洋集佛道二教之士进行了一场辩论，结果道教论战失利，高洋遂下诏废道，令道士皆剃发为僧人。当有道士不从时，杀4人，于是，迫于强力，北齐境内道士纷纷成为僧人。一百余年前道教借助政治权力使佛教遭受灭顶之灾，一百余年后，佞佛的高氏使道教遭受了同样的厄运。
与此同时，在北周境内却出现了截然相反的结局。依靠关西汉族建立了北周政权的宇文氏注重儒道二家学说，轻视外来佛教。周武帝宇文邕时，道士张宾和由信佛改为信道的卫元嵩结盟，屡屡向宇文邕进言，攻击佛教。周武帝也像拓跋焘一样，受符箓，服衣冠。非汉族出身的宇文氏想以此证明自己作为汉族统治者的合法性。但宇文邕没有像拓跋焘那样简单地以一纸灭佛诏行事，而是组织了一系列的大辩论。
北周天和四年（569年），宇文邕召集众僧、名儒、道士及文武百官二千余人，在紫极殿讨论儒、道、佛三教的优劣，以定废立。然由于意见分歧，众说纷纭，结果不定而散。五天之后，又召集大会，讨论三教。但仍然是各抒己见，得不出一个令人满意的结论。宇文邕便提出自己的看法：“儒道、道教，此国常遵。佛教后来，朕定不立，佥议如何？”[32]表示了准备废除佛教的意向。但与会的人仍陈述理由，表示不赞同废除佛教。于是宇文邕让大家再作准备，进行讨论，同时诏令司隶大夫甄鸾对佛道二教的异同优劣进行详细考察，提出意见。次年二月，甄鸾完成了《笑道论》三卷。三卷意为笑道教三洞之名，全文三十六条，意为笑道经有三十六部。全文嘲笑了道教的所谓三洞真经皆系伪造虚妄之作，嘲笑了道教的道法浅薄鄙陋，言辞十分激烈。五月，宇文邕大集群臣，详细讨论甄鸾所写的《笑道论》，认为《笑道论》伤蠹道法，在殿庭上当众烧毁。僧人道安又上《二教论》，详细评论儒、道、佛三教之优劣。认为佛教是内教，是练心之术；儒家是外教，属救形之术，两者虽然皆不可缺，但以佛教为高。至于道教，则是依据于儒家的一个旁枝而已，鄙陋不堪，毫无价值。周武帝看了之后，便征询朝臣意见，但无人提出不同看法，结果这次讨论又未得出结论。
建德元年（572年），宇文邕来到玄都观，亲御法座讲说道经，令公卿道俗论难。是年僧人僧勔诣阙，攻击道教所说老子化胡成佛之说系伪造惑人，毫无依据。第二年，宇文邕又召集群臣百官及沙门、道士，讨论三教先后，以儒教为先，道教次之，佛教为后。建德三年，宇文邕诏集僧道论难，由道士张宾与僧人智炫进行辩论，结果张宾被智炫驳倒。宇文邕本意是留道废佛，他曾明确说过：佛教有三不净，朕意将除之；道法中无此事，朕将留之，以助国化。然而，几度讨论，都未能就此事获得统一。于是便于是年五月诏令同时禁断佛、道二教。
天保六年（577年），北周灭齐后，宇文邕在邺城召集沙门大统等五百余人，宣布在北齐境内废除佛教。僧人慧远当众与宇文邕进行辩论，直至以阿鼻地狱相威胁：“陛下依仗皇帝权力，废除佛教，是邪见之人，阿鼻地狱不论贵贱，你难道就不害怕吗？”宇文邕勃然作色，对慧远说：只要百姓有好处，我也不怕受地狱的各种苦难。下令将北齐境内的所有寺庙赐给王公作为宅第，寺院财产入官府所有，一切经籍、佛像全部烧毁，所有僧尼一律还俗为民。僧人任道标上书宇文邕要求当面辩论，宇文邕将他召进宫，面对面地向他声明：佛教出于西域，其教义不适合中国，不属正教，我不是胡人，不敬胡神，所以决定废除佛教。
宇文邕虽然下令同时禁断佛、道二教，让僧尼、道士一律还俗，但实际上又下令另外设立通道观，简选著名的道士、和尚120人到通道观里学习《老》《庄》《周易》，名为通道观学士。所以，真正废除的只有佛教一教。
无论是太武帝拓跋焘和周武帝宇文邕的灭佛，还是齐文宣帝高洋的灭道，都可以看出，北朝的佛道之争与南朝有着明显的差异。其一，南朝的佛道之争主要是通过对教义、教理的辩论表现出来的，因此，著论撰文、造作伪经一类事情颇多；北朝的佛道之争则是通过政治权力进行，因此相伴而来的是镇压、强制等暴力手段。其二，南朝的佛道之争中，一批玄学之士站在佛教一边，使佛教徒的队伍大为壮观；在北朝的佛道之争中，儒家之士则和道教徒联合攻击佛教。其三，南朝佛道之争中与政治的瓜葛较少，大都是争正统；北朝佛道之争中则涉及政权稳定、民族关系等诸多政治因素，因此北朝的佛道之争往往演化为大规模的灭佛或灭道事件。
南北朝时期的佛道之争，并不仅仅是思想领域中的一场争论，尤其是当“夷夏之辩”成为佛道之争的一个主要命题之后，就使佛、道之争具有浓郁的政治色彩。但是，佛、道，乃至儒家学说，都为封建社会的人们提供了一种可供选择的人生道路。儒家强调“内圣外王”之道，主张内以修身养性而成圣人，外以助君治民理国名垂青史。应该承认，这是一条积极的人生道路。但在现实生活中，仕途坎坷，宦海风波又在所难免，于是不得不从兼济天下退而求取独善其身。佛教宣扬诸法无我，诸行无常，只有看破尘缘，觉悟成佛，才能脱离俗世苦难，进入乐土。因此，佛教的主张恰恰和儒家学说相反，以出世来求得解脱，而不是从入世中寻求理想的实现。道教主张隐居山林，养生修炼，得道成仙，求得永生。因此，道教寻求的是一条避世的人生道路。显然，儒、道、佛的主张都能为一部分人所认同。也正因为如此，尽管佛、道之争始终存在，有时甚至十分激烈，但始终不会出现某一教消逝的状况。相反，在争论的同时，又彼此调和，相互吸收，共同存在。拓跋焘灭佛时对佛教徒实行杀戮时，寇谦之表示激烈反对即是证明。所以，北朝虽曾二度灭佛，但不过数年，佛教便又迅速发展起来。
