东晋南朝，佛、道两教受到统治者异乎寻常的重视。东晋时期，葛洪用儒学的忠孝仁信等思想对民间道教进行改造，并提供了一系列长生的仙药和炼丹秘方，从而使之能够为上层社会所接受。以后陆修静、陶弘景又对道教进行典籍、科仪及组织方面的规范，于是它便上升为一种官方宗教。从皇室到士族，道教的信徒甚众，有的还是崇道的世家，如琅邪王氏、吴兴沈氏、吴郡杜氏等。梁武帝“弱年好事，先受道法。及即位，犹自上章。朝士受道者众”。在统治者的倡导之下，道教在南方广泛传播，“三吴及边海之际，信之逾甚。陈武（帝）世居吴兴，故亦奉焉”[37]。但与佛教相比，道教的政治地位则低下多了。东晋南朝帝王中信佛者远逾于信道者，而且还有的信道兼信佛。很多帝王延请名僧参与朝政，并与臣下互相撰文阐扬佛法。梁武帝还一度舍道就佛，公开讲：“道有九十六种，唯佛一道，是于正道，其余九十五种，名为外道。”[38]佛教受到统治者的偏爱，不但是因为可从这里找到死后理想的归宿，而且还因为它是驾驭民众最有效的精神武器。宋文帝时司空和尚之一语道破其中奥秘。他在《答文帝赞扬佛故事》中讲，佛法要求信徒持五戒十善。如果“百家之乡，十人持五戒，则十人淳谨矣；千室之邑，百人修十善，则百人和厚矣。传此风训，以遍宇内，编户千万，则仁人百万矣。……即陛下所谓坐致太平者也”[39]。南朝后期，统治者经过选择，大致形成以佛教为主，儒、道兼容的主导文化格局。
南朝时，统治者对异端文化的绞杀可谓不遗余力。其中，以齐、梁时期对坚持《神灭论》的范缜围攻最为典型。范缜反对佛教的神不灭论，被南齐竟陵王萧子良指斥为“伤名教”，并召集僧人对他进行围攻。到了梁代，武帝萧衍给范缜加上“违经背亲”的罪名，又发动“王公朝贵”64人写驳论75篇，再次围攻范缜。范缜舌战论敌，始终不肯屈服，结果被罢除尚书左丞的官职，贬徙到了广州。
二、少数民族王朝自身的文化调整
少数民族统治者入主中原之初，对汉文化采取的是相当矛盾的政策。一方面在先进华夏文明面前，表现出倾慕和卑弱的心态，如受“帝王自古无出戎狄”观念的影响，或迟迟不敢称帝，或谎称与汉族有亲缘关系，显得十分畏缩和尴尬。另一方面则凭借武力上的优势，宣泄长久以来受到歧视的仇恨，疯狂地毁灭城邑、委弃典籍与杀戮士民，对汉文化进行摧残。但是随着政权的建立，为巩固统治，提高本民族素质及消弭广大汉人的对立情绪，他们陆续对文化政策进行了调整。
从十六国时起，胡族统治者对占领区的汉族上层人物改行笼络的方针。他们招徕留居在北方的士人，待之以礼，如羯人石勒为这些“衣冠人物”特设了“君子营”，然后量才使用。以后前秦、前燕等政权中都聚集着大量的汉族士大夫。进入中原最晚、相对落后的拓跋鲜卑人，在建立政权之初即将士人领袖崔宏委以重任。这些汉族士人按照魏晋制度，对胡族政权进行改造和重构。经过对汉族先进文化的吸纳，各胡族政权纷纷改易胡法、胡汉分治为汉法。治国方针的变化，加速了它们汉化和封建化的进程。有的统治者还主动对本民族实行全盘汉化政策，如北魏孝文帝禁断鲜卑话、胡服编发左衽，以及改汉姓、定士族，等等。当然，这种政策也并非在各朝各代都是一成不变的，如东魏、北齐曾出现过一股反汉化的逆流，只不过为时甚短而已。
同东晋南朝不同，十六国北朝统治者对汉族主导文化的选择是儒学而不是玄学。永嘉之乱后，盛行于京洛地区的玄学随南渡名士转移到南方，保留在河北、河西地区的主流文化是以郑玄为宗的儒学，而玄风几成绝响。因此在北方给胡人影响最大的先进文化首推儒学。再者，玄学过于深奥玄虚，胡人不易领会，而儒学中的安邦治国思想及纲常伦理大义，既好把握精神实质，又适合建立政权需要，故受到他们的推崇。同时，北方士人也希冀通过儒学“以夏变夷”，施展才干，以求发展，维护家族的政治、经济的根本利益。正因为双重因素的作用，十六国北朝时期的儒学在北方呈现出复兴的景象。在多数割据政权那里，以儒学为核心的太学纷纷设立。一些硕儒还广招门徒，受业者多至万人。随着时间的推移，先后在辽西、邺城、长安、洛阳、河西等地，形成了以儒学为主体的多个区域性文化中心。北魏统一北方后，这些文化以支流的形式先后汇聚到平城和洛阳，为以后儒学的全面复兴，创造了条件。
胡族统治者在崇尚儒学的同时，也杂用佛、道。与重实粗犷的社会风气相一致，那些以修福事功又简便易行为特征的禅宗、律学和净土等佛教宗派在北方大为流行；由寇谦之改造后的新天师道，也是因为尊君和重视外在的宗教形式，而被北魏太武帝一度奉为国教，并亲受符箓。北方佛教势力因统治者的提倡，曾经达到了与南方毫无二致的程度。但是当它的过度膨胀对政权构成威胁时，北方统治者则毫不犹豫地采取极端措施。中国历史上发生过的三次灭佛事件，其中两次是在北朝。这样的魄力是南方王朝统治者所不具备的。
