郑玄治学不专主一家，讲求旁征博引，取长补短，见当时今古文互相攻击无有休止，欲参合其学，成一家之言，于是遍注群经。在注经时首先是突破师法家法的局限，综观众说，转相发明；其次是今古文兼采，并作出自己的判断，做到既有不同又有定见。如“注《诗》宗毛为主，毛义若隐略，则更表明。如有不同，即下己意，使可识别”[41]；注《尚书》虽用古文，而又和马融不同，或从今文说；注《仪礼》，于今文之外，并参考当时发现的古文《逸礼》，经从今文则注内叠出古文，经从古文则注内叠出今文，对于今古文字的取舍殊不一致。这样的做法，冲破了壁垒森严的经学传统，为此后经学的传承和发展开辟了新的道路。
汉代经学传承主要采用口耳相传的方式，虽然已出现不少解经著作，也有《尔雅》《方言》《说文》等辅助工具书问世，但在体例方法上一般还没有整体性、实质性的突破。郑玄治经综合采用“就其原文字之声类，考训诂，捃秘逸”[42]的方法，不但解决了许多经典中的疑难问题，而且树起了治经的新范例，在经学史上具有开创性意义。当代学者张舜徽著有《郑氏校雠学发微》、《郑氏经注释例》，对此做了详尽的分析阐述。
郑玄在五经中，于诸《礼》尤多所用心。晚清今文学家皮锡瑞在《三礼通论》中评述：“汉《礼经》通行，有师授而无注释。马融但注《丧服》经传，郑君始全注十七篇。郑于礼学最精，而有功于《礼经》最大。向微郑君之注，则高堂传《礼》十七篇，将若存若亡，而索解不得矣。《周官》晚出，有杜子春之《注》，郑兴、郑众、贾逵之《解诂》，马融之《传》。郑注《周礼》，多引杜子春、郑大夫、郑司农，前有所承，尚易为力。而十七篇前无所承，比注《周礼》六篇为更难矣。大小《戴记》亦无注释，郑注小戴《礼记》四十九篇，前无所承，亦独为其难者。向微郑君之注，则小戴传《记》四十九篇，亦若存若亡，而索解不得矣。”正是由于郑玄的工作，三《礼》作为古代礼学基本经典的格局才正式确立。所以清代学者戴震言：“郑康成之学，尽在《三礼注》，当与《春秋三传》并重。”[43]这对古代礼制研究具有重要意义，与此后数千年封建典章制度的兴革有直接联系。
郑玄的学术博大而精深，被称为郑学。他的诸种经注在当世便风靡学界，独领**。郑玄是混同古今的通学家，他虽以古学为宗，但兼采今学以附益其义，经过他的注解，今古文的区别混合起来，那时的学者正苦于家法的繁杂，又见他闳大淹博，无所不包，便翕然归之，不复舍此趋彼，于是郑注行而齐、鲁、韩三家《诗》，欧阳、大小夏侯《尚书》，大小戴《礼》都废掉了，郑学成为当时天下所宗的儒学。范晔评价：“自秦焚六经，圣文埃灭。汉兴，诸儒颇修艺文。及东京，学者亦各名家。而守文之徒，滞固所禀，异端纷纭，互相诡激，遂令经有数家，家有数说，章句多者或乃百余万言，学徒劳而少功，后生疑而莫正。郑玄括囊大典，网罗众家，删裁繁诬，刊改漏失，自是学者略知所归。”[44]是十分中肯的。
郑玄在中国经学史上有重大的影响。汉代解经之作留存至今的共有六部，除何休的《春秋公羊解诂》、赵岐的《孟子章句》外，其余的四部：《周礼注》《仪礼注》《礼记注》《毛诗笺》，都是郑玄所作。它们作为研究儒家经典的基本参考著作，给历代经学家提供了有益的帮助指导；作为汉代经学的代表作，后世学者舍此则难窥汉学门径。清代朴学大兴，学者更奉郑玄为经学鼻祖，有人甚至认为汉学就是郑学。张舜徽尝论：“清代二百六十余年的学术界，特别是乾、嘉学者，都围绕了‘许郑之学’努力用功。凡是探讨文字的，便以许慎的《说文解字》为依据；研究经学的，便奉郑玄的群经注说为宗主。……道、咸以下，治学的道路虽已变化，但是宗尚‘许郑’的学术气氛，从来没有轻淡过。所以我们说，有清一代的学术界，完全为‘许郑之学’所笼罩了，也不失之夸大！”[45]
郑玄的工作对于经学也有一些消极影响：一是多引纬书以注经；二是混淆了今古文的区别，现在的许多经书，如《诗》、《三礼》、《论语》注本，往往是今文、古文、郑注三种说法混在一起的，很难弄清各自的本来面目。
