仲长统的历史理论发端于他的朴素唯物主义的天人关系论。神学宇宙观是中国古代唯心主义体系的理论核心，在社会历史领域，三统循环、五德终始的历史演化程序，是神学目的论合乎逻辑的推理结果。作为对立面，由天意反对论进而推广到人文主义的历史演化说，则是唯物主义思想家理论扩展的客观必然。仲长统的思想带有明显的政治理论色彩。他在社会动力的探索上，抬出人事来与天道对抗，但在立论上只限于社会历史的说明。就现有材料看，他没有从哲学角度对世界本原及世界的物质属性进行理论阐述，因而在理论体系的严密和立论根据的坚实程度上稍逊于王充、王符。可在社会历史领域，他在对人事作用的阐述，对三统循环、五德终始理论体系的破坏，特别是对天命论的较彻底抛弃方面，却较王充前进了一步。
仲长统对历史的变化趋势做了比较精辟的分析。他指出社会的治乱经历着一个由盛而衰的历史过程。这个过程有由人事而决定的演进程序，与天命、历数没有关系。三统循环、五德终始、五行生克、质文相救等学说理论，被排斥于他的理论构架之外。他将历史变化划分为三个阶段：
第一阶段：以武力兼并天下，建立政权。“豪杰之当天命者，未始有天下之分者也。无天下之分，故战争者竞起焉。于斯之时，并伪假天威，矫据方国。拥甲兵与我角才智，程勇力与我竞雌雄，不知去就，疑误天下，盖不可数也。角知者皆穷，角力者皆负，形不堪复伉，势不足复较，乃始羁首系颈，就我之衔绁耳。”政权和秩序的建立完全是争斗的结果，所谓天命只不过是斗争的舆论工具或斗争胜利的标志而已。仲长统的历史分析虽然离社会演化实际还有相当的差距，但把斗争作为历史杠杆还是有些真理因素的。它对君权神授说也是个有力的驳斥。
第二阶段：人心思安，社会稳定。“及继体之时，民心定矣。普天之下，赖我而得生育，由我而得富贵，安居乐业，长养子孙，天下晏然，皆归心于我矣。豪杰之心既绝，士民之志已定，贵有常家，尊在一人。当此之时，虽下愚之才居之，犹能使恩同天地，威侔鬼神，暴风疾霆，不足以方其怒；阳春时雨，不足以喻其泽；周、孔数千，无所复角其圣；贲、育百万，无所复奋其勇矣。”[161]由于历史的惯性，这一时期即便是无德、无能的平庸君主，也可作威作福，不至于有倾覆的危险。仲长统对历史的观察，常有独到之处。他超越了对治乱安危之势的直观把握，准确揭示了关乎治乱的历史事件或措施与治乱之势的形成，在历史进程上的不同步性。这个滞后效应的提出，中世纪是很不寻常的。他在历史治乱趋势的分析上，还站在理论高度，揭示出某些带有规律性的东西。如“大治之后，有易乱之民者，安宁无故，邪心起也；大乱之后，有易治之势者，创艾祸灾，乐生全也”[162]。不但对社会的观察独具慧眼，非他人所能及，而且在理论思维上颇具辩证特点。在政治上，对于执政者这是个有益的指导；在理论上，对于人们认识历史规律则富有启迪。
第三阶段：运徙势去，天下大乱。“彼后嗣之愚主，见天下莫敢与之违，自谓若天地不可亡也。乃奔其私嗜，骋其邪欲，君臣**，上下同恶。目极角觝之观，耳穷郑卫之声。入则耽于妇人，出则驰于田猎。荒废庶政，弃亡人物，澶漫弥流，无所底极。信任亲爱者，尽佞谄容说之人也；宠贵隆丰者，尽后妃姬妾之家也。使饿狼守庖厨，饥虎牧牢豚，遂至熬天下之脂膏，斫生人之骨髓。怒毒无聊，祸乱并起，中国扰攘，四夷侵叛，土崩瓦解，一朝而去。昔之为我哺乳之子孙者，今尽是我饮血之寇仇也。”统治者骄奢**逸，罪恶多端，使祸乱并起，生灵涂炭，秩序破坏，自身威权随之丧失。争权夺势，重建秩序的新的循环过程又在这动乱之势中重新开始。
