《神农本草经》全书三卷（或作四卷），共收录药物365种，其中植物药252种，动物药67种，矿物药46种。书中根据药物的不同性能和使用目的，将药物分成上、中、下三品，这是中国药物学早期的一种分类法。上品大都是补养药物，一般说是没有毒或毒性较小的，共120种。中品多是兼有攻治某些疾病和滋补作用的药物，有些是有毒的，也有120种。下品多是有毒而专门用以攻治疾病的药物，共125种。对于每一种药物，书中都作了比较详细的说明，包括药物的性能功效、主治病症、出产地域、采集时节、入药部位、炮制和贮藏方法以及异名等内容。其中提到的主治病症名称达170多种，涉及内科、外科、妇科、五官科等方面的疾病。
长期临床实践和科学研究证明，书里所记载的药物绝大部分是正确的。如《神农本草经》记载黄连“治肠澼，腹痛下利”，历代医家皆遵其说，把黄连当作治痢要药，并取得明显疗效。现代化学研究表明，黄连中所含的小檗碱对伤寒杆菌、大肠杆菌、链球菌，特别是各种痢疾杆菌，都有较强的抑制作用，现在临**仍把黄连或小檗碱广泛用于菌痢、肠炎、肠伤寒等感染性疾病。又如书中记载麻黄“治中风伤寒、头痛，发表出汗，止咳逆上气，除寒热”，这些功效都被古今医学家的医疗实践和现代科学实验所证实。书中指出，水银可以“治疥瘙痂痒白秃，杀皮肤中虫虱”，临床证实，用水银治疗皮肤疾患确有良好疗效。这是世界医药史上用汞剂治疗皮肤病的较早记载。此外，书中还有许多被实践或实验所证实了的科学记载，如常山截疟、大黄泻下、人参补虚、甘草解毒、海藻疗瘿、雷丸杀虫，等等，不胜枚举。在1977年出版的《中华人民共和国药典》中，其中就收入了《神农本草经》所记载的药物158种。这也从一个侧面反映了《神农本草经》在古代乃至今天不失为一部具有重要参考价值的医药学工具书。
《神农本草经》还对一些药物学理论作了有益的探讨，提出了不少真知灼见。在《神农本草经》的序文中，就简要地记述了当时关于药物配伍的原则，并首次提出了医方里主药和辅助药之间“君臣佐使”的方剂理论，指出“合和宜用一君、二臣、三佐，又可一君、三臣、九佐”。这种“君臣佐使”的概念，一直为后世方剂学所沿用。书中还把药物的配伍情况归纳为“单行”“相须”“相使”“相畏”“相恶”“相反”“相杀”七种，称为“七情”，并指出，使用复方时，“当用相须相使者良，勿用相恶相反者。若有毒宜制，可用相畏相杀者，不尔勿用也”。这就是说，并不是所有药物都可以随便拿来配合使用，而应当根据药物的不同性能采用不同的剂型。书中还指出药物的剂型会影响疗效，有的宜制成丸剂，有的宜制成散剂，有的宜水煮，有的宜酒渍，有的宜膏煎。总之，应当根据病情的不同而采用不同的治疗方法，以取得最佳的治疗效果。所有这些，都足以说明《神农本草经》的药物学知识确已达到比较高的水平。
由于历史条件的限制，《神农本草经》也存在某些缺点和不足。如汉代流行的天人合一思想、神仙不死的观念在书中也有所反映；书中记载的某些药物性能有误或不够全面，药物的种类比起后来的药学著作也显得有限等。尽管《神农本草经》在许多方面存在不足之处，它仍不失为我国东汉以前药学知识的集大成之作，包含了许多具有科学价值的内容，因而被历代医家尊为药物学的经典著作。《神农本草经》原书在唐代已失传，但其内容由梁代《本草经集注》、唐代《新修本草》、宋代《证类本草》、明代《本草纲目》等书保存了下来。其辑佚本有明代卢复辑本、清代孙星衍、顾观光辑本及日人森立之的辑本。
二、张仲景与《伤寒杂病论》
