郑芝龙是一个有勇无谋的人。拥立唐王，也不是他自己的意思。郑芝龙与那些文臣政见不合，时常闹意见，又想到明朝江山已经失去了大半，这样偏安一隅，终非久计。当时的清朝命投降的臣子洪承畴招抚江南，命黄熙胤招抚福建。他们两个人都是晋江人，是郑芝龙的同乡，只是并没有见过面。郑芝龙萌生了投降清朝之意。
郑成功对于父亲的想法是不赞成的。隆武帝也知道郑芝龙不可靠，可是又没有法子奈何他。有一天，郑成功上朝，见隆武帝一个人正在发愁。隆武帝看见郑成功后忍不住大哭起来。
郑成功跪下来，说：“陛下郁郁不乐，莫非因为臣的父亲有不忠之心吗？臣受了国家的厚恩，绝对不会背叛国家。臣一定誓死保护陛下。”
后来，浙江失守，清兵打过来，隆武帝屡次叫郑芝龙出兵，但他带兵出关后就停在半路，不肯向前。隆武帝下诏责怪他：“你要是畏缩不前，自然有国法责办你。”
郑芝龙接到诏书后带兵走了六十里路，就又不肯再向前了。
于是隆武帝只好自己带兵，驻扎建宁。后来，隆武帝又到了延平府，封郑成功做忠孝伯。
顺治三年（1646年）三月，清兵渡过钱塘。郑芝龙听到这个消息说：“海寇到了，非臣自己出征不可。”
他带兵渡海到了安平。
隆武帝决定到江西去，但郑芝龙不肯。他故意叫军民好几万人在路上阻拦皇帝的车驾。同时，郑芝龙上表，劝皇帝留在福建。隆武帝没有办法，只好留了下来。
同年八月，清兵进入仙霞关。这里地势险要，是浙江与福建交界，是兵家必争之地。可是清兵来的时候，仙霞岭几十里以内，并没有一兵守关。于是清兵大摇大摆地**。隆武帝听说清兵来了，便从延平逃到了汀州。八月二十八日，隆武帝还是被清兵捉住了。
隆武帝决定自杀，他开始绝食，不久便死了。
清兵到了泉州城，泉州守城的是郑芝龙的五弟郑芝豹，他也不肯出城打仗，反关起城门来，把有钱的人家抢劫一空。清兵一到，郑芝豹便带兵逃跑了。
当时，郑成功的母亲田川氏，恰好在泉州城内。
她见清兵如此蛮横，明兵又那样没用，坚持不肯逃走，她说：“事已至此，死不足惜！”
其实，当时郑芝龙在安平有很多兵，海军、陆军都有，但他不肯出兵，只是按兵不动。
清朝的元帅贝勒博洛让郑芝龙的好朋友郭必昌去游说郑芝龙，并且许给他闽粤总督的位置。
于是郑芝龙撤回了前线的兵，他以为这有功于清朝，清朝会让他做闽粤总督。有一天，郑芝龙叫郑成功来商量，郑成功哭着说：“父亲应该教儿子做个忠臣，不曾听说，父亲叫儿子做反贼。满洲人能讲信用吗？再说子侄辈都不愿投降。不如还是再想想办法吧。”
郑成功不愿父亲投降，可郑芝龙并不会听他的。十一月十五日，郑芝龙写了降书，送给贝勒博洛，并且还到福州去见他。贝勒博洛见郑芝龙来了，十分高兴。他请郑芝龙饮酒取乐，并且折箭为誓，表明心志。
可是满洲人怎么可能相信他？三天以后，他们就把郑芝龙送到了北方，并且把郑芝龙的五百个随从也都分散开来，编进旗籍。
贝勒博洛一方面又写信给郑成功，叫他来投降。郑成功知道父亲一去不回，是上当了。可惜自己的母亲，为了满人横行而自杀。国破家亡，让他心中充满仇恨。郑成功一介书生，从来没有参与过战争。他起兵的前一天，跑到孔庙，对着孔夫子的牌位拜了一拜，说：“我从前是个读书人，现在不能不设法起兵，报家国之仇。为国家流血牺牲，是应该的。我现在不穿读书人的衣服了，把读书人的衣服烧掉，请先师在天之灵能够原谅我。”
第二天，他带着九十多个人乘船逃走。然后在南澳集兵几千人，自称为“忠孝伯征讨大将军”，决定与清朝对抗到底。
