清军初次受挫后便撤回银山安营扎寨，二十二日夜，郑成功派精锐部队夜袭银山，击溃清军。
次日清晨，郑成功乘胜向清军残余部队发起全面进攻，火炮、弓矢、火箭齐发，清军大溃，撤回南京，郑成功取得了镇江大捷。
当时的南京总督正是洪承畴，他得知此事连忙叫部下的一千个铁骑兵赶去应援。那些铁骑兵多是蒙上铁甲，骑了大马，威风凛凛，杀气腾腾。常州、无锡、江阴各地也开始集兵，共计一万五千人。
他们根本没把郑成功的军队放在眼里：“不过是些海贼，哪里值得一打呢！”
他们哪里知道，郑成功的水兵非常厉害。他们的船往来漂泊不定，你打到东边，他走到西边；你走到西边，他又跑到东边。就这样跑来跑去，让你摸不着头脑。
这样一来，清兵在江面一连守了三日三夜，疲惫不堪。
就在这时，郑成功的水兵从江上杀了过来，四面包围，仿佛是飞将军从天而降。清朝铁甲骑兵奋勇向前，郑成功的兵也没有一个退后的。清兵人强马壮，锐不可当。没多久，郑成功的兵忽然举起白旗。清兵十分高兴，以为郑成功要退兵了。可等到清兵追来，郑成功突发大炮，一时炮火冲天，清兵自相践踏，死伤不计其数。
清兵大败以后，提督管效忠从滇南带了几万兵，分道来应战，最终败走银山。郑兵乘胜追去，万军呐喊，天地震动。郑成功得了镇江之后，在岘山之上大宴将官兵士。郑成功的部下，崇明伯甘辉劝郑成功说：
“瓜（洲）、镇（江）为南北咽喉，但坐镇此，断瓜洲，则山东之师不下；据北固，则两浙之路不通，南都可不劳而定矣。”
但郑成功不肯听他的话，率军去打南京。清廷南京总督郎廷佐足智多谋，他听说郑成功率军而来，一面施展缓兵之计，向郑成功假意请降，一面又提出按大清旧律，以守城30天易手，方不加罪守城将士及其家小为由，请求宽限30天。郑成功信以为真，于是屯兵城下，旷日持久，一拖就是两个月，没有全力组织攻城。
甘辉又劝郑成功说：“用兵贵在神速。现在，他们的兵多，我们的兵少。我们利在速战。速战，则敌人不及预备，容易攻下来。要是慢慢地等着，等到敌人已经布置好了，救兵也来了，我们就没有办法了。”
可郑成功又不肯听他的话。
后来，清兵的城内防守已布置好了，各路的救兵也都到了。于是出城来同郑兵交战，四路夹攻，使郑成功的部下来不及应对，落败而逃。甘辉被清军抓获，因不愿意投降被杀。郑成功乘船逃走，回到海岛之后，想到自己不肯听甘辉的话后悔不已。于是他自贬王爵，并且修了一座忠臣庙，把死难的忠臣都列在里面。甘辉神位，被放在了第一位。
清兵得胜以后，决定率兵进攻郑成功的地盘。顺治十七年（1660年）五月，清廷率海陆重兵讨伐郑成功，郑成功在厦门防守。
等到清兵来的那一天，狂风大作，北方的兵士不懂水性，坐在那狂风大浪的船里头昏脑涨。就在这时郑成功举旗进攻，不习水战的清兵弃船逃岸。郑成功继续上岸应战，清兵死伤无数。
受了这次打击以后，清廷也知道了郑成功的厉害，不再敢轻易动兵。
然而厦门是座孤岛，当时粮草匮乏，难以给郑成功的军队提供充足的给养，这时候，前荷兰通事何斌建议郑成功去台湾。
