南明永历元年（1647年）二月，郑成功带兵从南澳到鼓浪屿，鼓浪屿与厦门一衣带水。郑成功在岛上供起“高皇帝牌位”，立志恢复明朝江山。这一年，郑成功攻海澄并没有胜利，又攻打泉州，虽然打败了提督赵国祚，但因为清朝的援兵，并没有把泉州打下来。次年三月，他带兵攻下同安。之后再次进攻泉州，但依旧没有成功。
当时的厦门和金门都属于南安，是半岛。郑彩霸占了金门，郑联霸占了厦门。有一天，郑成功秘密同他的部下商议说：“这两个海岛，都在我们卧榻的旁边，怎么能够容他人酣睡？”
八月十五，中秋节。
郑成功趁着郑彩离开厦门的时机，前往厦门拜访郑联，郑联大意并未设防，惨遭刺杀身亡。不久，郑彩得知郑联的死讯，更加不敢与郑成功作对，回到厦门便将兵权都交了出来，郑成功自此接收了郑彩、郑联大部分的部队。郑成功的势力，变得强大了起来。
顺治九年（1652年），清廷因为郑成功不肯投降，便叫郑芝龙写信去劝他。第二年，又封郑芝龙为同安侯，郑成功为澄海侯。可是郑成功不肯受功，清廷拿他无可奈何。
顺治十一年（1654年）六月，清廷再派人到郑成功那里劝他投降，许给他很高的官职，并且让他仍旧在原处驻兵。同时又拿他父亲恐吓他，若他不肯投降，就重办郑芝龙。可是郑成功志向已决，除了恢复明朝江山以外，没有别的念头。清使回来以后，清廷知道郑成功不会投降，便把郑芝龙一家人送到了宁古塔，让他们受种种的刑罚。
郑成功得知这个消息，虽然也十分难过，但相比国家，他也只好硬起心肠来。
十二月，郑成功率兵攻打泉州，十县都打了下来。郑成功的势力，一天天地壮大起来，他把部下的兵，分为七十二镇，又设立了种种机要部门：
（1）储贤馆
（2）储材馆
（3）察言司
（4）宾客司
（5）印刷局
（6）军器局
郑成功又用六官分理各项政治：
（1）潘赓昌为吏部官
（2）陈宝钥为礼部官
（3）张光启为兵部官
（4）程应璠为刑部官
（5）冯澄世为工部官
（6）洪旭为户部官
同时，他非常优待明朝宗室。每次都会穿起朝服，望着北面，遥拜帝座，然后再行事。
顺治十二年（1655年）三月，清朝的福建巡抚得到了郑芝龙与郑成功的往来信件，于是马上把这封信寄给了清朝的皇帝。十二月，郑芝龙的仆人尹大器也去告发郑芝龙同郑成功通信。清廷把郑芝龙关在牢狱里，对他施行了各种刑罚，他写信向郑成功求助，郑成功仍旧没理。
清廷开始着急了，把郑芝龙手脚都用铁链锁了起来，以防他逃走，同时叫了很多官兵把守。
那一年，永历帝叫周金汤封郑成功为延平郡王。郑成功想带兵打到南京去，恢复大明。顺治十五年（1658年）七月，郑成功决定出兵，封黄延做前提督，洪旭做兵官，郑泰做户官留守。把兵事布置好之后，郑成功就率领水师打到浙江。起初还算顺利，他夺回了乐清一带的小县，还攻下了羊山。可是就在大军进入长江之前，他们遭遇了飓风，损失非常惨重，只得暂且退回厦门。
又过了一年，郑成功再次率领大军北伐，顺利进入长江。同年六月，他率兵打到崇明，许多将官商议要把崇明拿下做大本营。郑成功却说：“瓜洲比崇明还要紧，这里是金陵的门户，一定要先打下来。”
于是他带兵向前进行，浩浩****，势如破竹。他率领的大军，一共有十七万人：五万水军、五万骑兵、五万步兵、一万往来策应兵、一万铁军。
从六月一日至三日，全军由江上行进，八日到达丹徒，十三日到了巫山，停泊下来。十五日，他们着长服，祭拜太祖高皇帝，着素服，祭先帝。兵士们失声痛哭。
顺治十六年（1659年），郑成功带兵直逼镇江。清朝的将官蒋国柱拼命防守，他打算趁此先下手为强。不料郑成功早有防备，先派藤甲兵抵住清军骑兵部队的进攻，随后又诱敌深入以火炮炸死千余清兵。
