然后就是他设置的军事重镇，有的由淮军组成，有的由八旗兵组成，有的由绿营军组成，有的由地方团练组成，当然还有一少部分由他的嫡系湘军组成。虽然名义上各军、各部都要听从曾国藩的统一调度指挥，可是私下里除了他自己的湘军外，其他各军各部，那是各有各的小算盘，各有各的利益纠葛，对曾国藩的命令往往都是阴奉阳违。这就导致，军镇与军镇之间很难达成有效的相互配合。一旦遭遇规模较大的捻军作乱，一个军镇的力量无法抗衡时，另一个军镇见不是自家派系的，往往会选择自保而坐视不理，各个军镇之间简直就是一盘散沙。而无论是手里兵力太少，还是难以协调各部，曾国藩一时都无法解决，甚至说仅仅凭借他自己的力量根本就不可能解决。
兵力少是因为朝廷忌惮曾国藩，不肯也不敢让他带兵太多，以免形成另一支尾大不掉的湘军，至于派系复杂难以调度，可是朝廷故意而为之，其目的也是一样。原本曾国藩就对八旗、绿营不抱有什么太大期望，他们不配合自己也就算了。更令曾国藩心寒的是，一向与湘军过从甚密素有兄弟部队之称的淮军，竟然更加不听自己的号令，甚至有些时候还经常处处与自己作对。慢慢的，曾国藩也逐渐意识到了，淮军之所以不肯配合自己的真实目的，他们分明就是要自己剿捻无功，然后朝廷无奈之下，才能再次改派委任李鸿章担任剿捻统帅。
届时，统帅是淮军大帅，剿捻主力是淮军部众，他们上下一心才能够凭借剿捻持续不断的扩大淮军势力。李鸿章的野心膨胀了，他已经不再满足于一直屈居曾国藩之下，他要做大清第一重臣！
同治五年初，剿捻半年都没有取得任何成效的曾国藩，亲自带领手下三万湘军嫡系，进驻到荥阳西南的周家口一带，他想要再做最后一次努力。他在从周家口西至洛阳，沿线百里内依托黄河、洛河建立了一道百里防线，目的就是依托太行天险，把东、西捻军彻底隔开，不使他们这两股势力形成东西呼应之势。与此同时，在对待捻军的整体策略上，曾国藩也做了重大调整，开始有之前的一昧清剿，变为征抚并重。因为曾国藩深刻的认识到，无论是之前的太平军作乱，还是现在的捻军作乱，其根本原因不，过是因为天灾加人祸，导致民间民不聊生，百姓生存无法得到保证，被逼无奈之下这才举旗作乱。
所以，单纯的武力征剿，只是治标不治本，不能从根本上解决问题。只有从根本出发，整顿当地吏治、减轻当地百姓赋税、改善当地百姓民生，让耕者有其田、居者有其所、生而有所养、老而有所依，还百姓一个朗朗晴天，令百姓对朝廷归心归德。届时，叛乱不征也会自平。不过，这个征抚并重的剿捻策略，是一件任重而道远的事情，绝非一朝一夕之功。
为此，曾国藩制定了几项长期策略：一是继续实行军镇制，保障不让各支捻军发生大的暴动。二是加强保甲制，制定“良民册”对每一个百姓进行摸底排查，防止他们加入捻军。三是在军镇制和保甲制的基础上。再建立圩寨制，每家每户出壮丁聚于圩寨。进行类似于团练的训练，而每家每户也要将家里的余粮，贮藏于圩寨里防止被抢。而圩寨又设在军镇旁互为倚仗。其实说白了，圩寨内的壮丁和粮食，就是当地村民给官府缴纳的人质和押金，防止当地百姓与捻军互相勾结。
然而，曾国藩苦心制定的这三项征抚并重的剿捻策略，刚刚开始施行了不到半年就受到了朝廷的反对。朝廷认为，曾国藩率领十几万大军剿捻一年而未建寸功，对他的剿捻表现极为不满。而当曾国藩提出征抚并重的剿捻三策后，以慈禧太后为首的朝廷当权派则认为，曾国藩的这个策略不但耗时太长，而且朝廷的支出也十分巨大，现在国库空虚，应当速战速决，尽快解决捻军叛乱才对。曾国藩坚持己见，多次上书朝廷，苦心陈述自己的所思所想，期望得到朝廷的支持。然而慈禧太后不但没有对曾国藩的陈述，听见去半个字，反而还一道懿旨下去，革除了曾国藩的剿捻统帅一职。同时，朝廷又委派李鸿章接任剿捻统帅，派左宗棠为剿捻副统帅。命李鸿章全面负责督师剿捻事务外，还率领他的淮军在河南、安徽、山东三地主要负责剿灭东捻军，命左宗棠率领他手下湘军去西北主要负责剿灭山西、陕西、甘肃三地的西捻军。最终，曾国藩历时一年多，除了在太行山东麓临黄河、洛河一带建立防线，隔断东西捻军联系外，未建寸功，带着无尽的无奈和不甘，黯然离开了剿捻战线。
