1938年初，gmd国防最高会议常务委员会第四十三次会议决定，将原大本营所设第一部与国民政府参谋本部合并组成为军令部。该部于2月1日正式成立，直隶军事委员会，掌国防建设、地方绥靖及陆海空军之动员作战；后方勤务之筹划运用；情报及国际政情之搜集整理；参谋人员、陆军大学、测量总局及驻外武官之统辖与运用等事项：以徐永昌为部长，熊斌、杨杰为次长.军令部下设总务及第一、第二3个厅：第一厅掌关于国防作战事宜，辖4个处12个科；第二厅掌关于情报与派遣驻外武官及外国武官接待等事宜，辖4个处12个科及技术室、侦查电台；总务厅掌关于参谋人事教育及总务章则等事宜,辖3个处6个科。每厅设厅长、副厅长各1人。1938年3月28日任命刘斐为第一厅厅长，徐培根为第二厅厅长，陈焯为总务厅厅长。另外设有部属幕僚,由主任高级参谋、主任秘书及高级副官分别主管各有关业务，即高级参谋掌不属于各厅的机要及审核章则等事宜，部成立之后，任命张华甫为主任高级参谋，张元祜、刘云乾、杨宣诚等18人为特级高级参谋；主任秘书掌拟各种文牍及部分会报等事宜；高级副官掌接待中外来宾及传达重要命令等事宜.旋因人事、经费无着，仍于2月间先后呈准设将级高级参谋18人，校级参谋40人.6月该部呈奉核定顾问3人，附员80人.
根据军令部组织法，该部下辖工兵指挥部、炮兵指挥部、通讯兵指挥部、战史编纂委员会，通讯总所、技术室、各省测量局、各种测量队、陆军大学暨参谋班、中央陆地测量学校暨分校、边务研究所、重庆核心阵地参谋团、特种兵器实验组、通讯人员训练班、谍报参谋训练班等。工兵指挥部掌一般工兵的使用计划与作战指导，独立工兵的指挥；工兵部队的编组、整补、训练、考核：工兵技术的设计改进；预备阵地的侦察、永久工事位置的算勘及作业指导等事宜.炮兵指挥部掌各战区有关炮兵的使用计划及考核各炮兵部队的战斗指挥、整补、训练等事宜.通讯兵指挥部掌一切通讯兵使用的计划与指导；通讯兵的调查分派；研究关于通讯兵的使用对策及技术设计等事宜.战史编纂委员会掌战史的编纂及编译事宜。各省测量局掌各省测量及其行政事宜：各种测量队掌测量事宜.陆军大学掌高等军事教育,中央测量学校掌测量教育：边务研究所掌边务教育。重庆核心阵地参谋团掌重庆核心工事的规划并监督其实施事宜。特种兵器实验组掌水雷及江湖阻塞兵器的研究事宜。通讯人员训练班掌情报通讯教育。谍报参谋训练班掌谍报参谋教育。
四、军训部
1938年1月军事委员会对所属进行改组.将国民政府训练总监部改为军训部。2月16日任命白崇禧为部长。3月1日任命刘土毅、陈继承为次长。7月16日陈继承调任中央军校教育长.调黄琪翔接任次长该部掌全国陆军训练、整理、校阅；军事学校教育建设改进；国民兵教育规划、校阅.
成立后的军训部下辖机构大致同原训练总监部。设有参事室，掌理关于法令章制之撰拟及交办事项，1938年2月任命徐
