调整后的军事委员会设参谋总长、副参谋总长.原参谋本部和原大本营第一部合并为军令部，专掌军令。参谋总长为军事委员会委员长之幕僚长，指导军事委员会所属各部、会、厅.襄助委员长处理军事委员会一切业务。
军事委员会经过这次改组、机构基本固定下来，此后除增加或扩编一些新的机构外，直到抗日战争结束，没有多大变化.
二、军政部
1937年7月全面抗战爆发8月12日国民政府国防最高会议和党政联席会议决定以军事委员会为抗战最高统帅部，并授权
军事委员会对党政军实行统一指挥：军政部由此时归军事委员会指挥.1938年1月公布的《军事委员会组织大纲》规定，该部
部长何应钦为军事委员会当然委员.政务次长仍为曹浩森，常务次长陈诚.1938年1月陈诚调任政治部部长，张定璠接任常务
次长.同时，经过修订的军事委员会组织大纲.对该部的职掌作了具体规定：(1)陆海军建设改进、人马之维持补充、交通通讯之整备，及全国总动员之筹划。(2)陆海军军需、粮秣、被服、装具、营缮及其他军需品之筹办、分配。(3)军械弹药之筹办分配.场厂仓库之建设管理，及民间有关工业资源之利用。(4)陆海军之卫生保健，及卫生机关之筹划运用：与此同时,军政部所属之各署、司机构亦有变动：
军务司司长仍为王文宣.该司辖军事、防务、整备3个科。1937年7月为适应抗战需要增设要塞组，负责各要塞之整理、建设与行政教育事项。1938年为统筹办理炮兵部队.成立炮兵组，专司其责，
军法司1937年9月军事委员会军法执行总监部成立，将该司所属军法处并入军法执行总监部审判组，仍由军法司人员兼办：该司司长仍为王震南：
交通司司长王景禄。抗日战争爆发后，由于交通业务日益繁重，陆续增设汽车、燃料、经理3个科.
兵工署仍以俞大维担任署长。所属除署本部外，军械司、司长陈隐冀.1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机械、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
军需署署长周骏彦，所属各司基本没有变化。
军医署1937年9月由军医司扩大而成，司长原为梅贻琳，扩大为署后于1938年7月任命胡兰生为署长,下设3个处及1个视察室，以下分科办事：第一处分人事、经理、事务3个科及会计室：第二处分医务、伤病处理、材料3个科；第三处分教
育、卫生2个科及统计室。1937年9月张建调任军医学校教育长，胡兰生接任署长。
会计处1937年10月设立军政部武昌办事处，1938年冬，又在桂林设立分处，均受会计长指挥：军事委员会计政室于1938年6月归并于会计处，定名为军政部会计处军事计政设计委员会，内分岁计、会计、审核、统计各组，每组设组长1人，办理关于规划、改进军事计政业务：会计长仍为陈良.
该部所属总务厅、马政司等人事、职掌仍旧：
三、军令部
