1949年国府迁台。1950年，保密局恢复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本部，持续执行情报蒐集，并主导台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案等白色恐怖。
1955年，情报机构改制。保密局改组为国防部情报局。保防侦查等业务拨归“司法行政部调查局”接管。一般说来，该阶段先后实际执行者为毛人凤与蒋经国。
1984年发生江南案，当时之情报局长汪希苓亦被捕入狱，情报局再次大改组。1985年7月1日，情报局与国防部特种情报室并编成立军事情报局，隶属国防部参谋本部，受参谋总长直接指挥。
中统与军统的区别
中统是国民党党中央的情报机构。
军统是国民政府军事委员会的情报机构。
中统:“中国国民党中央执行委员会调查统计局”的简称。国民党c.c系陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。中统的前身是由c.c系分子所组成的国民党中央组织委员会党务调查处。1937年，党务调查处并入军事委员会调查统计局第一处，由c.c系分子徐恩曾任处长。1938年3月，在国民党临时全国代表大会上，经蒋介石提议，以军事委员会调查统计局第一处为基础，成立中国国民党中央执行委员会调查统计局，中统由此正式形成。
中统以各级国民党党部为活动基地，在省市党部设调查统计室，在省以下党部设专人负责“调查统计”，在文化团体和大专院校、重点中学广泛建立了“党员调查网”，进行各种反革命特务破坏活动。
军统:“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。1938年8月成立。前身是“军事委员会密查组”(1927年建)、复兴社特务处（1932年4月建）、军事委员会调查统计局第二处(1937年建)。主要负责人为戴笠。军统局内勤组织共有八处、六室、一所；外勤组织在各大城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市设“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。特工人员最多时近五万名，分布到国民党的军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段进行**反人民的特务活动.
在四十年代以前，中统的势力非常大，因为实际上国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。
抗战以后，由于国民党的情报工作对象有所改变，从以对付中国gcd向对付日本侵略转变，因此中统的地位开始下降，而军统的地位不为提升。同时，由于大片国土沦陷，中统的组织系统严重破坏，而其又不能及时的联络这些基层组织。逐渐为军统所取代。
加之军统头子戴笠对蒋有知遇之恩和师生之情，对蒋言听计从。而中统主要为国民党cc系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所掌握，在人事上蒋不能直接控制，也逐渐失去了蒋的扶持。到了国民党退台后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统倒是得以保存和发展。
由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。
中统与军统的演变历程
1928年初，国民党在中央组织部中设立专职情报的“党务调查科”，此时，军队系统也有“参谋本部第二厅”，负责军事谍报与电讯侦测；1931年，“中华民族复兴社”（又称“蓝衣社”）的秘密核心组织“力行社”下设“特务处”，从事情报暗杀活动。1932年，党务调查科扩充为“特工总部”，1935年改组为“党务调查处”。
1937年4月，徐恩曾负责的“党务调查处”与戴笠负责的“力行社”合并为“国民政府军事委员会调查统计局”，由陈立夫任局长；原调查处为一处负责党务，仍由徐恩曾任处长；原力行社为二处负责特务，仍属戴笠管理。可以看出，初创阶段的国民党特务机关，组织机构变动相当频繁。
