这时候，荆州之兵力，实已非北府之敌。所以桓玄得志之后，便夺去刘牢之的兵权。牢之谋反抗，不成，自杀。而北府兵的势力，实在并未消灭。公元四〇四年，北府兵中旧人，刘裕、刘毅、孟昶（chǎng）、何无忌、诸葛长民等起兵讨桓玄。桓玄的兵，到处皆败。逃至江陵，被杀。安帝复位。刘裕入中央政府，主持大权。于是积年以来，朝廷为荆州所挟持的形势一变。然而军人到底是要互相吞并的。于是相互间之问题，不在北府兵和荆州系，而在北府兵里同时并起的几个人。
这时候，后燕因为后魏所破，分为南北，形势已弱。后秦也因受夏国的攻击，日以不振。四〇九年，刘裕出兵，把南燕灭掉。先是妖人孙恩，为乱于江、浙沿海，为刘裕所讨破。赴水死。其余党卢循、徐道覆，于桓玄时据有广州和始兴。[4]至是，乘机出湘、赣北伐。直下长江，兵势甚盛。何无忌为其所杀。刘毅亦为所败。刘裕撤兵还救，又把他打平。于是翦除异己者刘毅、诸葛长民和晋宗室司马休之等。[5]公元四一七年，大发兵灭后秦。此时正值后魏道武帝中衰之际，坐视而不能救。凉州诸国，都惴惴待晋兵之至。而裕以急于图篡，南还，长安遂为夏所陷。裕登城北望，流涕而已。公元四一九年，裕受晋禅，是为宋武帝。后三年而卒。自刘裕南还后，不复能经略北方。而北魏自太武帝即位后，复强盛。北方诸国，尽为所并。天下遂分为南北朝。
五胡十六国的事情，是很繁杂的。以上只提挈得一个大纲，现在补列一张简表于下，请诸位参看。
国名：前赵（初称汉，刘曜改称赵），公元三○四至三二九年。
民族：匈奴
都邑：刘渊自立于左国城（今山西离石县东北），后迁平阳，刘曜居长安。
始末大略（与正文参看，正文已有的不复述）：南匈奴呼厨泉单于，因先世系汉甥，改姓刘氏。曹操以呼厨泉部众强盛，留之于邺（今河南临漳县），而分其部众为五。其中左部最强。晋时，刘渊为其部帅。乘八王之乱，还并州自立。刘渊子和，为其弟聪所弑。聪荒**。传子粲，为其臣靳准所弑。石勒自襄国（今河北邢台县），刘曜自长安，俱勒兵讨准。准奔刘曜，为曜所杀。曜自立于长安。曜为石勒所擒。子熙奔上邽（今陕西南郑县），为石虎所追杀。前赵亡。
国名：后赵，公元三一九至三五一年。
民族：羯
都邑：石勒初居襄国，后徙邺。
始末大略：石勒初为群盗，归降刘渊，然实非渊所能制。后尽并东方，仍称臣于前赵。刘曜时，勒始自立。勒子弘，为勒从子虎所弑。虎诸子均为虎养子冉闵所杀。复姓，自称魏帝，为慕容儁所灭。事在三五一年。
国名：前燕，公元三三七至三七○年。
民族：鲜卑
都邑：鲜卑慕容氏，本居棘城（今热河朝阳县），后迁于辽东。至慕容廆又迁居徒河的青山（在今辽宁锦县境）。又迁居大棘城（在今辽宁义县），慕容皝迁居龙城（今朝阳县），灭冉闵后，居邺。
始末大略：慕容廆，本晋国的平州刺史。传子皝，始称燕王。皝传子儁，灭冉闵。是年，儁亦卒。子暐年幼，慕容恪辅政。恪死后，慕容评继之。时燕宗室慕容垂最有威名，评忌之。垂奔前秦。前燕遂衰。为前秦所灭。
国名：前秦，公元三五一至三九四年。
民族：氐
都邑：长安
始末大略：苻洪，本略阳氐酋。初降刘曜，后降后赵。后赵徙之于东方。后赵亡后，洪居枋头城（在今河南濬县）。击擒赵将麻秋。旋为秋所鸩杀。子健，杀秋，西入关。健子生，为苻坚所弑（坚父名雄，也是苻洪的儿子）。淝水败后，坚奔五将山（在今陕西岐山县），为后秦姚苌所擒杀。坚子丕，自立晋阳，为慕容永所败而死（慕容永，亦前燕同族。时自立于长子，即今山西长子县。后为后燕所灭。不在十六国之列）。坚族子登，又自立于南安（今甘肃平凉县）。三九四年，为姚兴所杀。子崇，奔湟中，为西秦乞伏乾归所杀，前秦亡。
国名：后秦，公元三九四至四一七年。
民族：羌
都邑：长安
