当时攻击基督教最烈的，是习回回历法的杨光先。但他的主意，并不在乎历法。他曾说：“宁可使中国无好历法，不可使中国有西洋人。”他又说：“他们不婚不宦，则志不在小。其制器精者，其兵械亦精。”他们著书立说，说中国人都是异教的子孙，万一蠢动，中国人和他对敌，岂非以子弟拒父兄？“以数万里不朝不贡之人，来不稽其所从来，去不究其所从去；行不监押，止不关防；十三省山川形势，兵马钱粮，靡不收归图籍。百余年后，将有知余言之不得已者。” [6]杨光先之说如此：利用传教，以作侵略的先锋，这是后来之事——也可说是出于帝国主义者的利用，并非传教者本身的罪恶——基督教初入中国时，是绝无此思想的。杨光先的见解，在今日看起来，似乎是偏狭，是顽固。但是中国历代，本有借异教以创乱的人，而基督教士学艺之精，和其无所为而为之的精神，又是中国向来没有看见过的。这种迷信的精神，迷信不深的中国人，实在难于了解。杨光先当日，有此疑忌，却也无怪其然。不但杨光先，怕也是当日大多数人所同有的心理。即如清圣祖，他对于西洋传入的科学，可以说是颇有兴味的。对于基督教士，任用亦不为不至。然而在他的《御制文集》里，亦说“西洋各国，千百年后，中国必受其累”，[7]这正和杨光先是一样的见解。不过眼前要利用他们，不肯即行排斥罢了。人类的互相了解，本来是不大容易的。在学艺上，只要肯虚心研究，是非长短，是很容易见得的。但是国际上和民族间的猜忌之心，一时间总难于泯灭，就做了学艺上互相灌输的障碍。近世史的初期，科学输入的困难，这实在是一个大原因。
杨光先以一六六四年，上书攻击基督教士，一时得了胜利。汤若望等都因之得罪。当时即以监正授光先。光先自陈“通历理而不知历法”，再四固辞。政府中人不听。不得已任职。至一六六七年，因推闰失实，得罪遣戍。再用南怀仁为监正。自此终圣祖之朝，教士很见任用。传教事业，也颇称顺利。直至一七〇七年，而风波才再起。
原来利玛窦等的容许信徒拜天、拜祖宗、拜孔子，当时别派教士，本有持异议的。后来讦（jié）诸教皇。至一七〇四年，教皇乃立《禁约》七条，派多罗[8]到中国来禁止。多罗知道此事不可造次。直迟到这一年，才以己意发布其大要。圣祖和他辩论，彼此说不明白。大怒。命把多罗押还澳门，交葡萄牙人监禁。在中国的传教事业，是印度的一部分，本归葡萄牙人保护的。后来法国人妒忌他，才自派教士到中国。[9]葡萄牙人正可恶不由他保护的教士，把多罗监禁得异常严密。多罗就忧愤而死。然而教皇仍以一七一五年，申明前次的禁约。到一八年，并命处不从者以“破门”之罚。于是在华教士，不复能顺从华人的习惯，彼此之间，就更生隔碍。一七一七年，碣石镇总兵陈昂，说天主教在各省开堂聚众，广州城内外尤多，恐滋事端。请依旧例严禁，许之。一七二三年，闽浙总督满保，请除送京效力人员外，概行安置澳门。各省天主堂，一律改为公廨（xiè）。朝廷也答应了。[10]自此至五口通商以前，教禁就迄未尝解。
