然而止不住捻众的冲突，一八六六年，捻众突围而出，张宗禹入陕，任柱、赖文光入山东，于是罢国藩，代以李鸿章。鸿章仍守国藩遗策，倒守运河，把东捻逼到海隅。于一八六七年打定。其西捻则由左宗棠剿击。宗棠败之渭北。捻众乃北犯延绥，渡河入山西。再出河南，以入直隶。宗棠率兵追击。李鸿章亦渡河相助。命直隶之民，多筑寨堡以自卫，而沿黄、运二河筑长墙以守。至一八六八年，才把他逼到黄、运、徒颊之间打平。
捻匪不过是扰乱，说不上什么主义的。太平天国，则当其兵出湖南时，即已发布讨胡之令。可谓堂堂之阵，正正之旗。其定都金陵后，定田制，改历法，禁蓄妾及买卖奴婢，并禁娼妓，戒缠足，颁天条以为法律，开科举以取士，亦略有开创的规模，且颇富于新理想。有人说：“中国当日，恶西教正甚，而太平天国，带西教的色彩很重，这是其所以失人心的原因。”然而天王的创教，本不过是结合的一种手段，兵势既盛之后，亦未曾尽力推行。太平天国的灭亡，其中央无真长于政治和军事的人才，实在是其最大的原因。而其据天京之后，晏安鸩毒，始起诸人，不能和衷共济，反而互相残杀。又其后来，所谓老兄弟者日少，新兄弟日多，[9]军纪大坏，亦是其致亡的原因。太平天国提倡民族主义，曾国藩等则揭橥（zhū）忠君主义，以与之对抗。在当日，自然是忠君主义易得多数人的扶助，然而民族主义的源泉，终不绝灭，遂潜伏着，以待将来的革命。
[1]当时北伐的兵，由林凤祥、吉文元统带。文元战死于怀庆。凤祥走山西。旋入直隶。至深州，为僧格林沁所败，退据静海。杨秀清遣兵北陷临清，以为之援。凤祥欲南出与之合，然卒不克。乃据连镇，别将李开芳据高唐。至一八五五年春，而为清兵所灭。当太平天国初起时，清朝北方，看似兵力雄厚，然都无战斗能力。使洪秀全得武、汉之后，即长驱北上，大事殊未可知。及既定金陵，要遣兵北伐，秦大纲力言非全军进据汴梁，则宜先定南省；遣孤军北伐非宜，而杨秀清不听。南人畏寒，北上之兵，士气不免沮丧，战斗力因之减少。然而林凤祥等，犹能支持几及两年。这可见凤祥之不弱，而清军的无用，于此也可见一斑了。
[2]洪秀全建国后，以杨秀清为东王，萧朝贵为西王，冯云山为南王，韦昌辉为北王，石达开为翼王，林凤祥为丞相。云山出全州后中炮死。萧朝贵死于攻长沙时。
[3]江南大营第一次被破，事在一八五六年。向荣走死丹阳。清廷代以和春，而命荣旧部张国梁帮办军务。战斗之事，实在都是国梁所主持。江北大营，琦善死后，代以托明阿。后又代以德兴阿。因扬州为陈玉成所破，和春劾罢德兴阿，遂不复置帅，由和春兼辖。及再度被破，国梁亦走丹阳自杀。和春则死于常州。时两江总督，亦驻常州，倚江南大营为屏蔽。军事上毫无预备。所以大营一溃，而苏、松、常、太，势如破竹，相继俱下。
