中国历代，对北方的用兵，大概最注重于蒙古。新疆地方，是不烦兵力而自服的。至于青海、西藏，则除唐代吐蕃盛强之时外，无甚大问题。而蒙、新、海、藏相互之间，其关系亦甚薄弱。自喇嘛教新派——黄教盛行以后，青海、蒙古，都成了该教的区域；而天山南路，因回教盛行，团结力亦较前为强；而此诸地方，近代的形势，遂较前代又有不同。
黄教始祖宗喀巴，以一四一七年，生于西宁。因旧派末流，颇多流弊，乃入雪山修苦行，自立一派，而黄其衣冠以示别。人因称旧派为红教，[1]新派为黄教。黄教的僧徒，是禁止娶妻的。所以宗喀巴遗命，其两大弟子达赖喇嘛、班禅额尔德尼，世世以呼毕勒罕，[2]主持宗教事务。因西藏人信教之笃，而达赖和班禅的威权，遂超出乎政治势力之上。驯致成为西藏政教之主。一五五九年，蒙古酋长俺答，[3]遣其二子宾兔、丙兔，袭据青海。两人亦都信了喇嘛教。一五七九年，俺答遂自迎达赖三世到漠南布教，是为喇嘛教化及蒙古之始，其后蒙人信教日笃，乃自奉宗喀巴第三大弟子哲布尊丹巴呼图克图居库伦。而达赖五世，曾通使于清太宗。清太宗亦有报使。至世祖入关，遂迎达赖入京，封为西天大善自在佛。而清人借宗教以怀柔蒙、藏的政策，亦于是乎开始。
因喇嘛教的感化，使漠南北游牧民族犷悍之气潜消。向来侵略他人的，至此反受人侵略，而有待于中国人的保护，这亦是一个新局面。卫拉特，就是元时的斡亦剌，明时的瓦剌。当清初，其众分为四部：曰和硕特，居乌鲁木齐。曰准噶尔，居伊犁。曰杜尔伯特，居额尔齐斯河。曰土尔扈特，居塔尔巴哈台。时红教还行于后藏。后藏的藏巴汗，为其护法。达赖五世的第巴[4]桑结，乃招和硕特固始汗入藏，击杀藏巴汗，而奉班禅居札什伦布。是为达赖、班禅，分主前、后藏政教之始。于是和硕特部徙牧青海，遥制西藏政权。桑结又嫌恶他。再招准噶尔噶尔丹入藏，把固始汗的儿子达颜汗袭杀。其时噶尔丹业已逐去土尔扈特，又把杜尔伯特慑服了。至此，遂统一卫拉特四部，其势大张。
一六八八年，噶尔丹攻喀尔喀。三汗部众数十万，同时溃走漠南。清圣祖乃命科尔沁部假以牧地。而亲自出塞大阅，以耀兵威。一六九五年，噶尔丹以兵据克鲁伦河上流。清圣祖亲自出塞，把他打破。一六九七年，又自到宁夏，发兵邀击。这时候，噶尔丹伊犁旧地，已为其兄子策妄阿布坦所据。噶尔丹穷蹙自杀。阿尔泰山以东悉平。三汗遂各还旧治。
然而伊犁之地，还是未能动摇。清朝乃出兵，先平定西藏和青海。先是达赖五世死后，桑结秘不发丧，而嗾使噶尔丹内犯。噶尔丹败后，尽得其状。圣祖下诏切责。会桑结为固始汗曾孙拉藏汗所杀，奏立新六世达赖。圣祖乃封拉藏为翼法恭顺汗，以为藏事可从此平定了。而青海、蒙古，都说拉藏汗所立达赖是假的。别于里塘迎立一达赖。诏使暂居西宁。正在相持之间，而策妄阿布坦又派兵入藏，把拉藏汗袭杀。于是藏事又告紧急。好在西藏人都承认了青海所立的达赖。圣祖乃派皇子允禵（tí）和年羹尧，从西宁、四川两道入藏，把准噶尔的兵击退，而送青海所立的达赖入藏。一七二二年，圣祖死，子世宗立，固始汗之孙罗卜藏丹津，煽动青海诸喇嘛叛变，亦给岳钟琪袭破。于是青海、西藏都平，梗命的只有一个准噶尔了。
一七二七年，策妄阿布坦死，子噶尔丹策凌继立。清朝想一举而覆其根本。还没有出兵，而噶尔丹策凌先已入犯。清兵出战不利。策凌就进犯喀尔喀。为额驸策凌所败。[5]清高宗乃定以阿尔泰山为准、蒙游牧之界。这是一七三七年的事。到一七四五年，噶尔丹策凌死，准噶尔又生内乱。高宗乃因辉特部长阿睦尔撒纳的降，[6]用为乡导，发兵把准部**平。而既平之后，阿睦尔撒纳又叛。亦于一七五七年，给兆惠等打定。
