《藏印条约》订结后的四年，便是一九一〇年，日、俄订立《协约》。有人说：实在另有密约，俄人承认日本吞并韩国，而日人承认俄国在蒙、新方面的举动。果然，其明年，俄国向中国提出蒙、新方面强硬的要求。[6]并声明：如不全部承认，就要自由行动。后来又提出最后通牒。中国无可如何，就只得覆牒承认了。[7]然而条约未及订结。革命军兴未几，活佛竟在库伦宣布独立。并陷呼伦贝尔。亡清当这时候，固然无暇顾及蒙古。民国成立以后，亦未有何等适当的措置。于是俄人擅和蒙人立约：许代蒙古人保守自治制度。不许中国驻兵殖民。而别订《商务专条》，以为报酬。这《商务专条》所许与俄人的权利，真是广大得可惊。[8]中国再三交涉。至二年七月间，才和俄国议定草约。提出于国会。众议院通过，而参议院否决。直到国会停顿以后，才成立所谓《声明文件》。（一）俄人承认中国在外蒙古的宗主权。（二）而中国承认外蒙古的自治权。（三）不派兵，不设官，不殖民。[9]另以《照会》声明：自治区域，以前清库伦大臣、乌里雅苏台将军、科布多大臣所辖之地为限。其随后商定事宜，则由三方面约定地点，派员接洽。于是三年九月，中、俄、蒙三方会商于恰克图。至四年六月，才订成《中俄蒙条约》。[10]而呼伦贝尔，亦因俄人的要求，于是年十一月，改为特别地域。[11]
俄、蒙的交涉未平，而英、藏的风波又起。英兵入拉萨的明年，中国因驻藏帮办大臣凤全，被藏番杀害，任赵尔丰为边务大臣。命四川提督马维祺，出兵剿讨。遂将川边之地，改设县治。又以联豫为驻藏大臣。当达赖出奔时，清政府曾革其封号。一九〇八年，达赖到北京，乃将其封号恢复，加意抚慰。乃达赖回到拉萨，遽向中国反抗。联豫电调钟颖，以一千五百人入藏。达赖又逃到印度。清朝就下诏把他废掉。这是一九一〇年的事。革命消息传至西藏，西藏人遂将中国军队驱逐。达赖回到拉萨，宣布独立。并发兵陷巴塘、里塘，攻打箭炉。民国元年七月间，四川都督尹昌衡，出兵征讨。云南亦出兵相助。把失地恢复。而英人又提出抗议。中国不得已，改剿为抚。并恢复达赖封号，以示羁縻，而派员和英、藏代表，共同会议。到三年四月，在印度的西摩拉，议定草约。（一）英国承认中国在西藏的宗主权，而中国承认外藏的自治权。（二）不干涉其内政。不将其地改省。（三）彼此不派官，不驻兵，不殖民。[12]而所谓内外藏，则将红蓝线画于所附的地图上。中国政府不承认此项附图的界线，英国亦不肯改变，直争执到如今。[13]
这是民国初年的蒙、藏交涉。至其后来，则因俄国的革命，[14]颇替中国造成一个好机会。外蒙因失其援助，且受兵匪的侵略，于八年十一月，吁请取消自治。呼伦贝尔的自治，亦随之而取消，其时政府方任徐树铮为西北筹边使，编练边防军。然而驻扎在外蒙古的，只有一旅一团。直皖战后，更其无人过问。[15]而白俄却计划以外蒙为根据地，以反对赤俄。又得他国接济军械。至九年十一月，库伦遂为白俄所陷。中国不能镇定。至十年七月，为远东共和国的兵所打平。其时蒙古人已在恰克图成立政府。至此，遂移于库伦。以活佛为皇帝。十三年五月，活佛卒，遂将君主制取消。而唐努乌梁海，亦由俄人扶助，自立为共和国。西藏方面，中、英的交涉，依然停顿。藏番却于六年、七年、九年、十年、十九年，迭次入犯。西康之地，多为所陷。班禅于十二年出奔，至今滞留在内地。而达赖又于二十二年十二月圆寂。藏事的解决，就更难着手了。
