徐世昌就职后，通电南方，停战议和。八年二月六日，南北各派代表，在上海开议，至五月十日而决裂。九年四五月间，北方驻扎衡阳的第三师长吴佩孚，撤防北上。七月间，在近畿和定国军冲突。定国军败。于是裁督办边防事务处，解散安福俱乐部。[6]是为皖直之战。第三师撤防之后，南军即占领湖南。此时南北两方，均撤换议和总代表。而国会议员，已先于四月间离粤。通电：“政务会议，不足法定人数。所有违法行为，当然不生效力。”七月十日，国会在云南开会。撤岑春煊总裁之职，代以刘显世。八月十七日，议决国会、军政府移设重庆。十月十四日，又宣言另觅地点。是时陈炯明以驻扎漳、泉的粤军回粤。十月二十四日，岑春煊等通电解除军政府职务。二十六日，广东都督莫荣新，亦宣布取消自主。三十日，徐世昌据之，下令接收。并通令依元年《国会组织法》暨《两院议员选举法》筹办选举。是为“旧法新选”。孙中山等通电否认，回粤再开政务会议。十年一月十二日，国会再在广州开会。四月七日，议决《中华民国政府组织大纲》。选孙中山为大总统，于五月五日就职，军政府即于是日撤消。中山宣言：“倘徐世昌舍弃非法总统，自己亦愿同时下野。”
此时北方曹锟为直鲁豫巡阅使，驻保定。吴佩孚为副使，驻洛阳。王占元为两湖巡阅使，驻武昌。张作霖为东三省巡阅使，兼蒙疆经略使，节制热、察、绥三区，驻沈阳。是年，五月，以阎相文为陕西督军。命十六混成旅冯玉祥等入陕。八月，相文暴卒，以玉祥署理。七月末，在湘鄂籍军官，组织湖北自治军；湖南组织援鄂军，攻入湖北。北政府免王占元，以萧耀南为湖北督军，吴佩孚为两湖巡阅使。吴佩孚陷岳州，和湖南定约休战。川军入宜昌，亦被吴佩孚回军击退。十二月，吴佩孚电攻内阁拨借日款赎胶济路，及发行九千六百万元公债之事。[7]奉天亦通电，“以武力促进统一”。十一年，四五月间，直、奉两军，在近畿冲突。奉军败退出关。河南督军赵倜起兵，冯玉祥出兵，把他打败。于是以冯玉祥为河南督军。免张作霖之职。六月四日，东三省省议会举张作霖为联省自治保安总司令，吉、黑两督军为副司令。十月三十日，以冯玉祥为陆军检阅使，移驻南苑。
孙中山就职后，以陈炯明为陆军总长，兼粤军总司令。是年六月至九月间，陈炯明平定广西。八月十日，国会通过北伐请愿案。孙中山在桂林，筹备北伐。十一年，四月，中山将大本营移设韶关。陈炯明辞职，走惠州。中山命其办理两广军务，肃清土匪。五月，北伐军分三路入江西。六月二日，徐世昌辞职。曹锟等十五省督军电请黎元洪复位。元洪复电说：
诸公所以推元洪者，谓其能统一也，毋亦症结固别有在乎？症结惟何，督军制之召乱而已。督军诸公，如果力求统一，即请俯听刍言，立释兵柄。上至巡阅，下至护军，皆刻日解职，待元洪于都门之下，共筹国是。微特变形易貌之总司令，不能存留；即欲划分军区，扩充疆域，变形易貌之巡阅使，亦当杜绝。
旋以各督军、巡阅使，先后来电，均表赞同，于十一日先行入都，十三日，撤消六年六月十二日解散国会之令。国会于八月一日开会。宣言系继六年第二期常会。而浙督卢永祥又通电说河间代理期满，即系黄陂法定任期终了。[8]广州国会，亦通电否认。孙中山则宣言：
直军诸将，应将所部半数，由政府改为工兵。其余留待与全国军队，同时以次改编。如能履行此项条件，本大总统当立饬全国罢兵。若惟知假借名义，以涂饰耳目，本大总统深念以前祸乱，由于姑息养奸，决为国民一扫凶残，务使护法戡乱之主张，完全贯彻。
