袁世凯死后，北方连形式上的统驭，都失掉了。而南方的新势力，又未能完成，就酿成复辟之役和护法之战。
当民国六年之初，欧洲战事，德、奥方面，渐已陷入困境。德国乃于二月初，宣布无限制潜艇战争。我国提出抗议，无效，即提议对德绝交。参众两院，先后通过。于十四日宣布，因进而谋对德宣战。于是国务总理段祺瑞，召集各省、区督军、都统，在京开军事会议。[1]于四月二十五日开会。一致主张对德宣战。五月一日，通过国务会议，提出于众议院。七日，众议院开委员会筹议。有自称公民团的，包围议院，要求必须通过。旋外交、司法、农商、海军四总长辞职。十九日，众议院决议：“阁员零落不全，宣战案应俟内阁改组后再议。”是晚，各督军、都统，分呈总统和国务总理，反对国会所通过的宪法。说“如不能改正，即请解散，另行组织”。旋即先后出京赴徐州。二十三日，黎总统免国务总理段祺瑞职，以外交总长伍廷芳代理。二十九日，安徽宣告和中央脱离关系。于是奉天、陕西、河南、浙江、山东、黑龙江、直隶、福建、山西，纷纷继起。并在天津设立军务总参谋处。通电说：“出师各省，意在另订根本大法，设立临时政府，临时议会。”六月一日，黎总统令：“安徽督军张勋来京，共商国是。”张勋带定武军五千，于八日到天津。要求黎总统解散国会。十二日，伍廷芳辞职，国会解散。十四日，张勋入京。
七月一日，张勋拥废帝溥仪在京复辟。黎总统避入日本使馆，电请冯副总统代行职务。以段祺瑞为国务总理。四日，冯、段通电出师讨贼，段祺瑞在马厂誓师。以段芝贵、曹锟为司令，分东西两路进讨。十二日，我师复京城。[2]
京师既复，黎总统通电辞职。冯代总统于八月一日入京。十四日，布告对德宣战。
当国会解散后，广东、广西，即宣告军民政务，暂行自主。重大政务，径行秉承元首，不受非法内阁干涉。复辟之后，定后，有人主张：“民国业经中断，可仿初建时之例，召集临时参议院。”于是海军第一舰队，开赴广东。云南亦宣言拥护约法。八月二十五日，国会开非常会议于广州。议决《军政府组织大纲》：在临时约法未恢复以前，以大元帅任行政权，对外代表中华民国。选举孙中山为元帅。[3]
此时两广、云、贵，完全为护法省份。四川、福建、湖南、湖北、陕西，也有一部分独立的。南北相持于湖南。六年十一月，南军攻入长沙、岳州。七年三月，复为北军所取。南方由两院联合会，修改《军政府组织大纲》：“以政务总裁，组织政务会议，各部长都称政务员，由政务员组织政务院；以政务院赞襄总裁会议，行使军政府的行政权。”[4]旋选出孙中山等七人为总裁。[5]于六月初五日，宣告成立。推岑春煊为主席。国会于十二日在广州开正式会，并续开宪法会议。北方则召集参议院，修改《国会组织法》和《两院议员选举法》，据以选举、召集。八月十二日，选举徐世昌为大总统。于十月十日就职。南方不承认。由两院联合会委托军政府，代行国务院职权，以摄行大总统职务。
