王阳明紧接着下令众将士们继续追剿余贼寇，先后剿灭了四十多个贼寇团伙，然后对詹师富、温火烧等七十余名山贼头目处以斩首的极刑，那些被俘虏的小毛贼也均得到了相应的处罚。缴获的军需物资则充公，用于军队建设。
至此，漳南地方为期十余年的贼寇之患终于悉数被镇压。二月出兵，四月“班师回朝”，凯旋。自古以来能如此迅速地获得战争的成功的人，估计也不多吧。
《时雨堂记》
王阳明先生以短文的形式记叙了此篇写作的前后原委：
正德丁丑三月，奉命平漳寇，驻军上杭。旱甚，祷于行台；雨日夜，民以为未足。乃四月戊午班师，雨；明日又雨；又明日大雨。民乃出田。登城南之楼以观，民大悦。有司请名行台之堂为“时雨”，且曰：“民苦于盗久，又重以旱，将谓靡遗。今始去兵革之役，而大雨适降，所谓‘王师若时雨’，今皆有焉。请以志其实。”呜呼！民惟稼穑，德惟雨，惟天阴陟，惟皇克宪，惟将士用命，去其螣蜮，惟乃有司实耨获之，庶克有秋。乃予何德之有，而敢叨其功！然而乐民之乐，亦不容于无纪也，巡抚都御史王守仁书。是日，参政陈策、佥事胡琏至，自班师。
此一时期，王阳明先生又曾作诗歌《喜雨三首》，来抒发自己的感慨，全诗兹摘录如下：
其一：
即看一雨洗兵戈，
便觉风光转石萝。
顺水飞樯来贾舶，
绝江喧浪舞渔蓑。
片云东望怀梁国，
五月南征想伏波。
长拟归耕犹未得，
云门初伴渐无多。
其二：
辕门春尽犹多事，
竹院空闲未得过。
特放小舟乘急浪，
始闻幽碧出层萝。
山田旱久兼逢雨，
野老欢腾且纵歌。
莫谓可塘终据险，
地形原不胜人和。
其三：
吹角峰头晓散军，
横空万马下氤氲。
前旌已带洗兵雨，
飞鸟犹惊卷阵云。
南亩渐忻农事动，
东山休共凯歌闻。
正思锋镝堪挥泪，
一战功成未足云。
颁布队伍法
王阳明在平定漳南地方的山贼后，深深地感觉到自己麾下的士兵们存在着缺乏纪律意识、机动性差的问题。因此，战事一结束他就马上对队伍进行了改革。这就是他所号召的队伍的“习战之法”的最初提出。起始时间是在当年的五月份。
王阳明这次军事改革的主要内容如下：
为了加强队伍间的紧密性，每个队伍中还分发了两块木牌或者竹牌，每五个人一块，上面标记了同一个队伍的所有人的姓名，一块交由队长管理，一块保存在巡抚衙门，将之称作“伍符”。往上的级别也有对应的“哨符”“营符”。一块交由负责人保管，另外一块仍然保存在巡抚衙门。
如果突发紧急战事，这些“符”就发挥相应的效力。既便于调遣部队，又有利于识辨奸佞叛徒。由于王阳明的军队平日训练有素，因此真正到了战场上，在其运筹帷幄的指挥下，两者互为配合，发挥了很大的效用。
赏罚分明
接下来，王阳明开始上疏给朝廷，要求严厉施行赏罚制度，从而激励军队的士气。其中一段这样写道：
