宝塔的内核是一种厚实的结构，在宝塔底层已完**露出来，在宝塔的上面部分，它只是在因年久失修，外墙部分剥落之处才隐约可见。用以建造核心部分的砖块跟用来建造外墙的材料并不相同。用于建造内核部分的砖块较小，而用于建造外墙的砖块则要大得多。宝塔基座部分有几层砖是例外，在那儿使用了特别沉重的砖块。宝塔底层内核部分的砖块显示出一种质朴而简单的装饰性。在壁角部分采用了突出部分不超过七厘米的扁平半露柱进行装饰，工艺相当原始和廉价。与其形成对比的是，外墙部分的设计显示出了高超的工艺技术和具有宋代建筑细节特征的高度艺术感。宝塔的角柱是半圆形的，用特殊模砖砌成，向外突出，两块砖的长度加起来正好构成外墙的厚度。它们与内墙的连接是靠木板，而非每隔六层就有一块的砖头。外墙的隅撑设计要远比内核部分的设计更为复杂和精巧，前者的隅撑有两层向外突出的支架，而后者却只有一层。墙上留有一些洞，显然表示有一些从里面呈直角向外突出的部件完全是木制的。除了外墙的最下面一层（即宝塔的第二层，那儿各面的中央都有一个深凹的神龛）之外，上面每一层各面的的神龛里都装饰有浅隔板，即用砖将这个神龛九个更小的神龛。整个设计看上去就像是窗户的形状，并大大加强了宝塔结构给人带来的轻盈印象。有趣的是，宝塔第七层的某些神龛与下面的其他神龛截然不同，具有圆拱顶，这一特征与雷峰塔相同。
经过仔细的比较，艾术华意识到上述内核部分实际上就是传说中最初于开宝年间（968-976）建成的宝塔，而表面更具有装饰性和制作更为精巧的外墙很可能就是咸平年间（998-1003）由永保帅叔和尚修建的那个宝塔。有关保叔塔起源的第二种说法中提及了一个由百姓修建，以保佑钱王的宝塔。而现有宝塔内核部分那种质朴和简洁的风格似乎也证实了这种说法。另一方面，有关保叔塔起源的第一种说法，在提及同样的时间和地点重修宝塔时，还提供了一个有趣的细节，即重修时将宝塔从九层变成了七层。
通过对保俶塔内部结构的仔细比较和研究，艾术华进一步认识到，“从九层减为七层”很可能只是楼层数目上的递减，而非真实高度的降低。在比较新旧两个宝塔估计高度的基础上，使人有充分的理由相信，传说中被降低的外层宝塔很可能要比包裹在里面的旧宝塔高二至四米。宝塔高度降低的说法自然也是一个风水问题，因此引来了异乎寻常的关注，因为宝塔结构本身为该塔的吉祥特质提供了证据，但决定因素并非塔身的高度，而是宝塔的层数。修复宝塔的方式也显示，旧塔依然坚固，仍可作为新塔的内核和基础。值得注意的是，建于公元975年，位于西湖南端的雷峰塔也经历了一个同样减少塔层的变化——它原来计划要建十三层，但真正建起来时只有五层。
由于宝塔最底下一层的外壳已经完全消失，我们很容易就能够看清这一层内塔的设计、建造，以及跟上面各层外墙的联系。可以看得出，宝塔的修复者保叔和尚曾利用锯齿形的飞檐来支撑他新增添的外墙，不仅最底一层是这样，其他各层也是如此。他还进一步利用了旧宝塔留下来的凹陷嵌版的壁阶作为他沉重外墙的支撑点。在内核与外墙之间，他似乎没有用任何黏合剂，因为旧的飞檐是更好的承重部件。老照片显示，即使是飞檐有时也不能承受外墙的重量，所以在有些地方外墙纷纷剥落了下来，因此内墙就凸了出来，形成一种奇观。
从老照片中可以看清内塔一至三层的平坦角柱，并且显示内塔第三层的顶部只比外塔第二层的顶部高了一丁点儿。在同一面上部内塔第五层隅撑比外塔第四层的顶部要低大约一米左右。这大致表明九层内塔的高度并没有超过现在只有七层的外塔，实际上还要低两三米。外塔的神龛是如此之深，以至于要凿进内塔的墙壁。
