这是他自道学术心境的一首诗，叙述自己早年“东家与西舍”地采集新思潮，结果只是借得别人的衣裳，己身独立之学术并没有建立起来。庄子说的“朝菌不知晦朔”，正可以用来比喻那些不以学问本身为目的的新学家们。他自己则决心积学储宝，不断提升自己的学问修养，让学术体现出永久的价值，而不使之“与时荣枯”。因此他最终转向了从经史小学入手研究古史的艰难道路，这是王国维实现自己学术独立主张的至关重要的一步。
中国现代学术传统的建立，是从自觉地追求学术独立开始的。晚年的梁启超对此体会尤深，他在《清代学术概论》里慨乎言之曰：“而一切所谓新学家者，其所以失败，更有一种根源，曰不以学问为目的而以为手段。”[64]《清代学术概论》写于1920年。王国维对同一题意的慨乎言之，比任公先生早出十五年以上，说明他是从理念上推动学术独立的最早觉醒者。
五
中国传统学术向现代学术转变，有一学术理念上的分别，即传统学术重通人之学，现代学术重专家之学。钱穆在《现代中国学术论衡》一书的序言中写道：“文化异，斯学术亦异。中国重和合，西方重分别。民国以来，中国学术界分门别类，务为专家，与中国传统通人通儒之学大相违异。循至通读古籍，格不相入。此其影响将来学术之发展实大，不可不加以讨论。”[65]钱穆先生所揭示的民国以来学术界之重分类，追求专家之学，是吸收了西方学术观念和方法的中国现代学术的特征，与传统学术的重会通，通人通儒有至高的地位，两者不尽相同。这里通人之学与专家之学的分野，实际上有古今的问题，也有中西的问题。
中国传统学术的分类，大类项是经、史、子、集四部之学。史部为史学，集部为文学，其义较为明显，历来学者也大都这样界定。唯子部的内涵，通常人们认为属于哲学的范畴，似尚待分解。诸子百家之说，与其说是哲学莫若称为思想学说更加恰当。所以中国历史学科中有思想史一门，而中国学术史实即为学术思想史也。至于经部，分歧更大。近人张舜徽尝云：“盖经者纲领之谓，凡言一事一物之纲领者，古人皆名之为经，经字本非专用之尊称也。故诸子百家书中有纲领性之记载，皆以经称之。”[66]后来儒家地位升高，孔门之“六艺”，即《诗》《书》《礼》《易》《乐》《春秋》，遂成为有至尊地位的经典。如果用现代的眼光来看，经学毫无疑问是需要分解的。《诗经》是文学，不成问题；《尚书》和《春秋》应属于历史的范围；《易经》是哲学。因此传统学术向现代转化，有一个学科整合的问题。我这样说丝毫不含有轻视经学的深层文化意蕴的意思，相反，在一定意义上，却可以认为经学原典是中国一切学术的源头，是中国文化的最高形态[67]，甚至就人文学科而言，亦可以在现代文史哲的学术分类之外，另设经学一科。现代学术分类的方法，淹没了经学的地位。但对于传统学术的四部分类法如何向现代学术分类转变，晚清之时的学子在理念上并不是都很明确。严复、康有为、梁启超、章太炎、王国维等现代学术大家，走的还是通人之学的路，在他们身上，学科的界分并不那么明显，或至少不那样严格。
王国维是首先意识到现代学术需要重新分类的现代学者。这里涉及他写的一篇极重要而又鲜为人注意的文章，即作于1902年的《奏定经学科大学文学科大学章程书后》。这是他写给张之洞的一封信，在这封信里他明确提出反对把经学置于各分科大学之首，强调必须设置哲学一科。他直言不讳地指出，由张南皮制定的分科大学的章程没有设哲学一科是个重大的错误。他说：
